如何解决使用conda和App :: cpanminus安装Perl模块
我正在使用conda
,可以在Ubuntu和macOS上安装软件包。我将软件包放在单独的conda
环境中,以更好地管理依赖关系。 如何尽可能多地使用conda
安装Perl以及常见的非核心Perl模块?显然,我还需要在conda
之上使用类似{{3} }到App::cpanminus
。
我发现了这篇文章:Yozen Hernandez的install specific modules(2020年6月30日)。到目前为止,此处列出的方法似乎可以正常工作,例如:
# install Perl and the module App::cpanminus:
conda create -c bioconda --name perl526 perl-app-cpanminus
source activate perl526
# install Regexp::Common Perl module:
env PERL5LIB="" PERL_LOCAL_LIB_ROOT="" PERL_MM_OPT="" PERL_MB_OPT="" cpanm Regexp::Common
source deactivate
有更简单或更强大的解决方案吗?
注释:
我知道conda
Perl比最新的Perl版本落后几个版本,而perl-app-cpanminus
则落后得多。对于我的应用程序,这没关系。我正在使用Using cpanm to Install Perl Modules in a Conda Environment和Nextflow创建生物信息学工作流程,其中尽可能多地使用conda
具有许多优点。因此,我可以容忍有些旧的Perl版本。
我知道Galaxy上涉及the main perl site的指示,但是我对基于conda
的解决方案感兴趣。
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