将文件名替换为bash中多个文件中第一行的字符串

如何解决将文件名替换为bash中多个文件中第一行的字符串

我有多个fasta文件，其中第一行始终包含带有多个单词的>，例如：

File_1.fasta: 
>KY620313.1 Hepatitis C virus isolate sP171215 polyprotein gene,complete cds
File_2.fasta: 
>KY620314.1 Hepatitis C virus isolate sP131957 polyprotein gene,complete cds
File_3.fasta: 
>KY620315.1 Hepatitis C virus isolate sP127952 polyprotein gene,complete cds

我想从每个文件中使用sP*开头的单词，并将每个文件重命名为该字符串（例如：File_1.fasta到sP171215.fasta）。到目前为止，我有这个：

    $ for match in "$(grep -ro '>')";do
          fname=$("echo $match|awk '{print $6}'")
          echo mv "$match" "$fname"
      done

但是它不起作用，我总是会收到错误消息：

grep：警告：stdin的递归搜索

希望你能帮助我！

解决方法

此代码中发生了几件事。首先，..我实际上没有得到这个特定的错误，这可能是由于版本不同。可能会解决以下事实：由于bash扩展做得不好，grep将'>'解释为与>相同。我建议也许去"\>"。

第二：

fname=$("echo $match|awk '{print $6}'") 里面的引号是出于非预期目的。您的代码应如下所示： fname="$(echo $match|awk '{print $6}')"

最后，要正确检索数据，这应该是您的最终代码：

for match in "$(grep -Hr "\>")"; do
  fname="$(echo "$match" | cut -d: -f1)"
  new_fname="$(echo "$match" | grep -o "sP[^ ]*")".fasta
  echo mv "$fname" "$new_fname"
done

说明： grep -H->您希望您的grep显式使用“包含文件名”，以防其他shell环境决定将grep别名为grep -h (no filenames)

您不想在文件搜索中进行grep -o，因为您希望在一个数据条目中同时包含文件名和“新文件名”。

尽管如此，我不明白为什么要搜索“>”而不是目录“ sP”：

for match in "$(grep -Hro "sP[0-9]*")"

这不是完全相同的行为，并且具有不同的边缘情况，但是它可能对您有用。

您可以使用以下内容：

int newValue(int *p){
    // modify the vector
    return p;
}

int main(){
    int a[6]={4,6,7,3,1,8};
    int *p;
    p = a;
    p = newValue (p);

它搜索* .fasta文件并处理每条“命中”行
它将grep的每个结果均按空格分割，并将第6个元素作为新名称
它将grep的每个结果都用：分割，并获得第一个元素作为旧名称
它从旧文件名移动/重命名到新文件名

在（g）awk中非常简单：

创建文件“ script.awk”：

FNR == 1 {
    for (i=1; i<=NF; i++) {
        if (index($i,"sP")==1) {
            print "mv",FILENAME,$i ".fasta"
            nextfile
        }
    }
}

使用它：

awk -f script.awk *.fasta > cmmd.txt

检查输出内容。

mv File_1.fasta sP171215.fasta
mv File_2.fasta sP131957.fasta

如果可以，请使用. cmmd.txt启动重命名

对于目录中的所有fasta文件，请在其第一行中搜索以sP开头的第一个单词，并使用该单词作为基名对其进行重命名。

使用bash数组：

for f in *.fasta; do
    arr=( $(head -1 "$f") )
    for word in "${arr[@]}"; do
        [[ "$word" =~ ^sP* ]] && echo mv "$f" "${word}.fasta" && break
    done
done

或使用grep：

for f in *.fasta; do
    word=$(head -1 "$f" | grep -o "\bsP\w*")
    [ -z "$word" ] || echo mv "$f" "${word}.fasta"
done

注意：可以进行测试后，删除echo。