R中的栅格：使用像素值的extract操作

如何解决R中的栅格：使用像素值的extract操作

我想使用extract()来计算给定栅格（ras）中的某些坐标的缓冲区内像素值为“ 1”的百分比。

在我的示例中：

#Packages
library(raster)

# Create a raster 
ras <- raster(ncol=1000,nrow=1000)
set.seed(0)
values(ras) <- runif(ncell(ras))
values(ras)[values(ras) > 0.5] = 1 
values(ras)[values(ras) < 0.5] = NA
ras
#class      : RasterLayer 
#dimensions : 1000,1000,1e+06  (nrow,ncol,ncell)
#resolution : 0.36,0.18  (x,y)
#extent     : -180,180,-90,90  (xmin,xmax,ymin,ymax)
#crs        : +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs 
#source     : memory
#names      : layer 
#values     : 1,1  (min,max)

# Create some 30 coordinates
pts<-sampleRandom(ras,size=30,xy=TRUE)
pts.df<-as.data.frame(pts)
pts.df$area<-rnorm(30,mean=10)
head(pts.df)
#        x      y layer      area
#1 -109.26 -43.65     1 10.349010
#2   93.42 -87.21     1  9.861920
#3   57.06  86.85     1  8.642071
#4 -109.98 -45.63     1 10.376485
#5  -92.34  37.89     1 10.375138
#6   19.62  21.51     1  8.963949

#Representation
plot(ras)
points(cbind(pts.df$x,pts.df$y))

#Function for extract percentual 1s
perc1<- function(x,...) {
  leng1<-length(values(x) ==1) # length of 1s pixels
  lengtotal<-length(x) # total length of pixels inside buffer
  perc<-(leng1/lengtotal)*100
  return(perc)
}

# Extract circular,100000 units buffer
cent_max <- raster::extract(ras,# raster layer
    cbind(pts.df$x,pts.df$y),# SPDF with centroids for buffer
    buffer = 100000,# buffer size
    fun=perc1,# what to value to extract
    df=TRUE) 

在这里，我需要有关编程问题的帮助，因为perc1函数不起作用。我想使用extract()创建一个新列（percentual_1s），该列占像素的百分比 值为“ 1”。我需要一些方向来计算像素的length()，其中像素“ 1”除以每个100000单位缓冲区* 100中像素的总数（“ 1”的值和NA）。我的理想 输出是：

#        x      y layer      area   percentual_1s
#1 -109.26 -43.65     1 10.349010   23.15
#2   93.42 -87.21     1  9.861920   45.18
#3   57.06  86.85     1  8.642071   74.32
#4 -109.98 -45.63     1 10.376485   11.56
#5  -92.34  37.89     1 10.375138   56.89
#6   19.62  21.51     1  8.963949   88.15

请问有什么想法吗？

解决方法

使您的函数适合提取，如下所示：

percentual_1s<- function(x,...) {
  leng1<-length(which(x==1))
  lengtotal<-length(x) 
  perc<-(leng1/lengtotal)*100
  return(perc)
}

并在提取调用中添加“ na.rm = FALSE”：

cent_max <- extract(ras,pts[,1:2],buffer = 1000000,fun=percentual_1s,df=TRUE,na.rm = FALSE)

那给了我

head(cent_max)
  ID    layer
1  1 49.81865
2  2 50.27545
3  3 50.03113
4  4 50.29819
5  5 50.39391
6  6 48.89556

https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-geo/2020-September/028437.html

中的解决方案