在C编程中进行蛮力搜索，在C编程中读取.fna文件 手动分配数组简单方式使用文件映射高级方式

如何解决在C编程中进行蛮力搜索，在C编程中读取.fna文件 手动分配数组简单方式使用文件映射高级方式

我能够读取.fna并搜索所需的模式。但是在我读取文件后，它是逐行而不是整个读取文件。如何提取.fna文件并将其存储为C编程中的变量？下面是我的代码和得到的输出：

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#define MAXCHAR 70000

void search(char* pattern,char* text)
{

    int M = strlen(pattern);
    int N = strlen(text);

    for (int x = 0; x <= N - M; x++) {
        int y;

        for (y = 0; y < M; y++)
            if (text[x + y] != pattern[y])
                break;

        if (y == M)
        {
            printf("Found pattern at position %d \n",x+1);
        }
    }}

int main()
{

    FILE *fp;
    char str[MAXCHAR];
    char pattern[] = "GTTCTTT";
    char* filename = "D:\\Desktop\\NC_007409.fna";
    fp = fopen(filename,"r");

    if (fp == NULL){
        printf("Could not open file %s",filename);
        return 1;
    }

    while (fgets(str,MAXCHAR,fp) != NULL)
        search(pattern,str);
        return 0;
}

Output I gotten

解决方法

您可以通过两种方式以字节数组形式获取文件内容：

手动分配数组（简单方式）

1. 获取文件大小；
2. 通过使用文件大小为文件内容分配内存；
3. 将所有内容读入文件到分配的内存中。

使用文件映射（高级方式）

内存映射文件的好处是提高了I / O性能，尤其是在大文件上使用时。对于小文件，由于内存映射始终与页面大小对齐（通常为4 KiB），因此内存映射文件可能会浪费空闲空间。

• Memory-mapped file (Wikipedia)
• File Mapping (Microsoft Docs)