如何解决benferroni调整后的p值-如何像OR和CI一样将其绑定而不求幂?
我正在尝试将本菲罗尼调整后的p值应用于OR和CI的混合列表,并面临两个问题:
我已经尝试过了:
[
{
$set: {
"Seasons": {
$concatArrays: [
"$Seasons",[
"$Last_season_2","$Last_season"
]
]
}
}
},{
$project: {
"Name": 1,"avgGoals": {
$divide: [
{
$reduce: {
input: "$Seasons",initialValue: 0,in: {
$sum: [
"$$this.goals","$$value"
]
}
}
},{
$size: "$Seasons"
}
]
}
}
}
]
- 当您观察时,我的p值也取幂,所以我不希望这种情况发生。我想保持benferroni调整后的pvalue的幂不变,但要将其与OR和CI一起添加。
这是一个伪数据集:
#get logistic regression
d_ch <- glm(diabetes_type_one ~ chills,data = test,family = binomial)
# extract the p-values for adjusting
d_ch_pval <- summary(d_ch)$coefficients[,4]
#apply benferroni
d_ch_padj <- p.adjust(d_ch_pval,method = "bonferroni")
#I am attaching to the list ordinal ratio and confidence intervals
exp(cbind(OR = coef(d_ch),confint(d_ch),pvalues = d_ch_padj))
请您帮忙吗?
解决方法
第1部分:
如果要从模型中删除截距,请执行以下操作:
glm(diabetes_type_one ~ chills - 1,data = test,family = binomial)
如果要从d_ch_pval中删除拦截(模型包括拦截),请执行以下操作:
d_ch_pval[-1] # Intercept is always the first row in the summary if the model includes intercept
第2部分:
您正在对p值和CI求幂。而是这样做:
df <- exp(cbind(OR = coef(d_ch),confint(d_ch))) # exp(other columns)
df <- cbind(df,data.frame(pvalues = d_ch_padj)) # cbind p-values after exp of other columns
df
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