for循环和if语句给出错误的参数

如何解决for循环和if语句给出错误的参数

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我有一个数据帧df1，如果“ listid”中的名称不在“ protein”中，则将其保存以丢弃，而如果它在“ protein”中，则将其保存为匹配，并且仅保留匹配但是我收到以下错误：

df1 <- data.frame(items=c("^TP53$","^PTEN","^BRACA1$","^SYNE4$","^ATM$"),condition = rnorm(5),parameter = rnorm(5),id = rnorm(5),reading = rnorm(5))
df1
listid<-gsub('[$|^]',"",df1$items)
protein<-c("PTEN")
fkeep <- NULL
for (i in 1:length(listid)) {
  if (!protein) {discard <- grep(paste0("^",listid[i],"$"),df1$items,fixed = T)}
  else {hits <- grep(paste0("^",listid[i]),fixed = T)}
  fkeep <- c(fkeep,hits)
  # print(fkeep)
}

解决方法

请注意，它告诉您！Protein中有错误。包括感叹号。

R中的

!与!=不同。 !仅可应用于布尔向量。您需要改用== FALSE或!=之类的二进制运算符。

代码失败，因为!希望您为其提供布尔矢量。除此之外，蛋白质也只有1个元素，因此没有理由在其上使用c（）。

所以有多个问题：

df1 <- data.frame(items=c("^TP53$","^PTEN","^BRACA1$","^SYNE4$","^ATM$"),condition = rnorm(5),parameter = rnorm(5),id = rnorm(5),reading = rnorm(5))
df1

listid<-gsub('[$|^]',"",df1$items)

protein<-"PTEN" # this is only 1 item so no c()
fkeep <- NULL
for (i in 1:length(listid)) {
  if (listid[i]!=protein) {discard <- grep(paste0("^",listid[i],"$"),df1$items,fixed = T)} 

# protein is a variable containing only a single argument but you want to choose this argument from listid 
# so you have to loop through listid in search for protein

  else {hits <- grep(paste0("^",listid[i]),fixed = T)}
  fkeep <- c(fkeep,hits)
   print(fkeep)
}

再次查看您的代码后，我发现您的grep代码无法正常工作，因此我自由地对其进行了重写：

for (i in seq_along(listid)){
  if (listid[i]!=protein){
    hits <- sub("^",paste0(listid[i],df1$items[i],fixed=T)
    print(hits)}
    
  #else #{discard<-grep("^",fixed=T) # sets protein row to 1
        #{discard<-sub("^",df1$items[i]),fixed=T) # changes ^PTEN to PTENPTEN
    #print(discard)}
    
}

结果现在取决于您运行的丢弃版本