反转igraphR包中的有向图转置图中的边

如何解决反转igraphR包中的有向图转置图中的边

假设我在R中给出了一个igraph图，并且想要反转所有边：

请参阅Transpose graph

library(igraph)
library(tidyverse)
g <- make_star(n=6)
plot(g)
gt <- transposeGraph(g) # hypothetical function
plot(gt)

一种方法似乎是重建图形，但是我担心性能和顶点属性的丢失：

gt <- graph_from_data_frame(as_data_frame(g) %>% select(to,from))

还有其他想法吗？

解决方法

可以找到一个可能的答案here，但是它不保留顶点属性。
应该可以使用get.vertex.attribute和set.vertex.attribute

恢复属性

尝试：

library(igraph)
library(tidyverse)

g <- make_star(n=6)
plot(g)

transposeGraph <- function(g) {
  g %>% get.edgelist %>%
    {cbind(.[,2],.[,1])} %>%
    graph.edgelist
}

gt <- transposeGraph(g)
plot(gt)

^{由reprex package（v0.3.0）于2020-09-10创建}

性能比较显示，在100个顶点的星上，速度快大约10倍：

Unit: microseconds
                                                         expr      min        lq     mean   median
 graph_from_data_frame(as_data_frame(g) %>% select(to,from)) 4300.308 4495.1795 4844.328 4654.769
                                            transposeGraph(g)  315.487  350.5645  457.711  404.308
       uq       max neval cld
 4806.770 13324.719   100   b
  437.539  4488.205   100  a 

,

我当前正在运行以下代码，因为它保留了所有节点和边缘属性。

library(igraph)
#> 
#> Attache Paket: 'igraph'
#> The following objects are masked from 'package:stats':
#> 
#>     decompose,spectrum
#> The following object is masked from 'package:base':
#> 
#>     union

g <- make_star(n=6)
V(g)$name <- LETTERS[1:6]
E(g)$weight <- 1:5
plot(g)

transposeGraph <- function(g){
  gDf <- as_data_frame(g,what = "both")
  graph_from_data_frame(gDf$edges[,c(2:1,3:ncol(gDf$edges))],directed = T,gDf$vertices)
}

gt <- transposeGraph(g)

plot(gt)

^{由reprex package（v0.3.0）于2020-09-28创建}