如何解决使用stat_signif和自定义测试ggplot2
我的问题与ggsignif package error stat_signif requires the following missing aesthetics: y这里发布的问题非常相似,除了我有多个小组,因此除了代表总体卡方检验之外,我还需要跟进每个小组之间的卡方比较。据我所知,stat_signif没有用于后验卡方的参数,但是它确实接受自定义公式,只要它具有一个包含名为p值的条目的列表即可。
我正在使用不推荐使用的fifer软件包中的代码进行事后卡方检验,我还编辑了公式,因此输出中带有一列标记为p.value的列(请参阅本文底部的已编辑公式)。
下面是我的数据示例(虚构)
require(tidyverse)
require(ggplot2)
require(ggsignif)
require(ggpubr)
condition <- c("a","a","b","c","c")
binary_1 <- c(1,1,0)
df <- data.frame(condition,binary_1)
df
gg_df <- df %>%
mutate(binary_1 = as.factor(binary_1))
gg_melt <- melt(gg_df)
gg_1.1 <- gg_melt %>%
group_by(condition) %>%
count(binary_1) %>%
mutate(Freq = n) %>%
ggplot() +
aes(condition,Freq,fill = binary_1) +
geom_col(position = "stack") +
geom_signif(
comparisons = list(c("a","b"),c("a","c"),c("b","c")),test = "chisq.post.hoc",map_signif_level = TRUE
) +
scale_fill_manual(values = c("#FDAE61","#9E0142"),name = "Binary_1")
gg_1.1
但是,这会产生以下错误
Warning message:
Computation failed in `stat_signif()`:
'c(4,2)' is not a function,character or symbol
如果我使用相同的语法但未指定测试,则它可以工作,但是会自动执行wilcox测试,并且出现以下错误:
Warning message:
In wilcox.test.default(c(4,1),c(1,4)) :
cannot compute exact p-value with ties
gg_1.2 <- gg_melt %>%
group_by(condition) %>%
count(binary_1) %>%
mutate(Freq = n) %>%
ggplot() +
aes(condition,name = "Binary_1")
gg_1.2
下面是我用来计算事后卡方检验的函数:
chisq.post.hoc <- function(tbl,test=c("fisher.test"),popsInRows=TRUE,control=c("fdr","BH","BY","bonferroni","holm","hochberg","hommel"),digits=4,...) {
#### extract correction method
control <- match.arg(control)
#### extract which test (fisher or chi square)
test = match.fun(test)
#### test rows or columns
if (!popsInRows) tbl <- t(tbl)
popsNames <- rownames(tbl)
#### come up with all possible comparisons
prs <- combn(1:nrow(tbl),2)
#### preallocate
tests <- ncol(prs)
pvals <- numeric(tests)
lbls <- character(tests)
for (i in 1:tests) {
pvals[i] <- test(tbl[prs[,i],],...)$p.value
lbls[i] <- paste(popsNames[prs[,i]],collapse=" vs. ")
}
adj.pvals <- p.adjust(pvals,method=control)
cat("Adjusted p-values used the",control,"method.\n\n")
data.frame(comparison=lbls,raw.p=round(pvals,digits),p.value=round(adj.pvals,digits))
}
这是获取p值的输出:
chisq_matrix <- as.matrix(table(df$condition,df$binary_1))
chisq.test(chisq_matrix)
chisq.post.hoc(chisq_matrix,test='chisq.test')
我尝试将输出保存为列表并重新运行代码,但出现错误
Error in get(as.character(FUN),mode = "function",envir = envir) :
object 'chisq_list' of mode 'function' was not found
chisq_list <- chisq.post.hoc(chisq_matrix,test='chisq.test')
gg_1.3 <- gg_melt %>%
group_by(condition) %>%
count(binary_1) %>%
mutate(Freq = n) %>%
ggplot() +
aes(condition,test = "chisq_list",name = "Binary_1")
如何保存事后测试中的p值,以使其显示在图形上?
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