如何解决在nlme
我正在尝试进行回归分析(使用nlme中的gls函数),在该回归分析中我解释了共同的系统发生历史,并且我的树不是超尺寸的。我自己创建了相关矩阵(因为我的一些数据点都沿着树的同一分支,所以自己做就容易了)。关于相关矩阵,我一直收到相同的错误。我的代码:
s<-read.csv("vcv.csv",header=T)
cov_matrix<- as.matrix(apply(s[,-1],2,as.numeric))
row.names(cov_matrix) <- s[,1]
cormatrix<-cov2cor(cov_matrix) #the actual correlation matrix
dat<-read.csv("data.csv",header=T)
tip.heights <- diag(cov_matrix)
fit <- gls(y~x,correlation=corSymm(cormatrix[lower.tri(cormatrix)]),weights = varFixed(~tip.heights),#for non-ultrametric tree
data=dat)
错误:
Error in Initialize.corSymm(X[[i]],...) :
initial values for "corSymm" must be between -1 and 1
在此先感谢您的帮助。
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