Snakemake：命名方案不一致的MissingInputException

如何解决Snakemake：命名方案不一致的MissingInputException

我正在尝试使用带有Minimap2的Porechop处理MinION cDNA扩增子，并且出现此错误。

MissingInputException in line 16 of /home/sean/Desktop/reo/antisera project/20200813/MinIONAmplicon.smk:
Missing input files for rule minimap2:
8413_19_strict/BC01.fastq.g

我了解错误告诉我的内容，我只了解为什么它没有尝试制定规则。 Porechop正在用于检查所有可能的条形码，如果在目录中找到多个条形码，它将输出多个fastq文件。但是，由于我知道要查找的条形码，因此在barcodes文件中创建了config.yaml部分，以便可以将它们映射在一起。

我认为该错误正在发生，因为Porechop的目标输出与minimap2的输入不匹配，但是我不知道如何纠正此问题，因为poropop可能有多个输出。

我以为我正在为minimap2规则的输入文件构建路径，当snakemake发现不存在该choopop输出时，它就会成功，但这不是正在发生的事情。

到目前为止，这是我的管道，

configfile: "config.yaml"
rule all:
    input:
        expand("{sample}.bam",sample = config["samples"])
rule porechop_strict:
    input:
        lambda wildcards: config["samples"][wildcards.sample]
    output:
        directory("{sample}_strict/")
    shell:
        "porechop -i {input} -b {output} --barcode_threshold 85 --threads 8 --require_two_barcodes"
rule minimap2:
    input:
        lambda wildcards: "{sample}_strict/" + config["barcodes"][wildcards.sample]
    output:
        "{sample}.bam"
    shell:
        "minimap2 -ax map-ont -t8 ../concensus.fasta {input} | samtools sort -o {output}"

和yaml文件

samples: {
  '8413_19': relabeled_reads/8413_19.raw.fastq.gz,'8417_19': relabeled_reads/8417_19.raw.fastq.gz,'8445_19': relabeled_reads/8445_19.raw.fastq.gz,'8466_19_104': relabeled_reads/8466_19_104.raw.fastq.gz,'8466_19_105': relabeled_reads/8466_19_105.raw.fastq.gz,'8467_20': relabeled_reads/8467_20.raw.fastq.gz,}
barcodes: {
      '8413_19': BC01.fastq.gz,'8417_19': BC02.fastq.gz,'8445_19': BC03.fastq.gz,'8466_19_104': BC04.fastq.gz,'8466_19_105': BC05.fastq.gz,'8467_20': BC06.fastq.gz,}

解决方法

首先，您始终可以调试指定标志--printshellcmds之类的问题。那会打印出Snakemake在后台运行的所有shell命令。您可以尝试手动运行它们并找到问题所在。

至于为什么您的规则不产生任何输出，我的猜测是samtools需要显式文件名或-才能使用stdin：

Samtools旨在在流上工作。它将输入文件视为“-” 作为标准输入（stdin）和输出文件'-'作为标准 输出（标准输出）。因此，几个命令可以与Unix结合使用 管道。 Samtools始终将警告和错误消息输出到 标准错误输出（stderr）。

所以尝试：

    shell:
        "minimap2 -ax map-ont -t8 ../concensus.fasta {input} | samtools sort -o {output} -"

,

所以我不是100％知道为什么这种方法可行，我想这与蛇形看目标的方式有关，但这是我找到的解决方案。

rule minimap2:
    input:
        "{sample}_strict"
    params:
        suffix=lambda wildcards: config["barcodes"][wildcards.sample]
    output:
        "{sample}.bam"
    shell:
        "minimap2 -ax map-ont -t8 ../consensus.fasta\
         {input}/{params.suffix} | samtools sort -o {output}"

通过使用snakemake中的params功能，我可以将正确的条形码与样品名称进行匹配。我不确定为什么我可以将其作为输入本身，但是当我将输入返回匹配的结果时，它会起作用。