如何解决在AWS上通过Tibanna执行Snakemake工作流程
我正在尝试通过AWS上的Tibanna执行Snakemake官方教程的工作流程。
按照here的指示,
- 我已经安装了Tibanna并设置了环境变量。
- 然后,我将Tibanna Unicorn部署到特定S3存储桶 specific-bucket 中的文件夹 snakemake-tutorial 中。
- 我设置了默认的独角兽。
- 最后一步,我运行以下命令:
$ snakemake --tibanna --default-remote-prefix=specific-bucket/snakemake-tutorial
但是,我在bwa_map规则时出错。日志显示:
/bin/bash: bwa: command not found
/bin/bash: samtools: command not found
由于某些原因,我无法使用conda和/或软件包。
解决方法
我能够使用--precommand
标志解决此问题。
snakemake --tibanna --default-remote-prefix=sm-tut-test/sm --precommand="conda install -c bioconda bwa"
尽管如此,我仍在研究一种优雅的解决方案。
稍后添加: 我找到了使用Integrated package management feature的更好的解决方案。
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