如何解决使用nibabel以“ SPM”样式保存nifti
我已经使用python分析了一些fMRI数据,现在想将结果保存为niftis,然后可以在SPM分析中使用。
我的数据得分是一个形状为(97、115、97)的float64数组。我已经使用以下代码将其保存:
import nibabel as nib
import nilearn
scores_image = nib.Nifti1Image(scores,affine = np.eye(4))
nib.save(scores_image,"scores.nii")
但是,当我将数据加载到SPM时,我注意到原点和小数位与SPM期望的不同: Comparison of my scores.nii (upper image) and a standard SPM nifti
有人知道哪个代码会自动将我的成绩变量保存为与SPM预期相同的来源和大小吗?
更新:这是带有突出显示的SPM图像的标头,与我自己的图像不同:
comp_img = nib.load('spmT_0014.nii')
print(comp_img.header)
<class 'nibabel.nifti1.Nifti1Header'> object,endian='<'
sizeof_hdr : 348
data_type : b''
db_name : b''
extents : 0
session_error : 0
regular : b'r' ## ---> b''
dim_info : 0
dim : [ 3 97 115 97 1 1 1 1]
intent_p1 : 0.0
intent_p2 : 0.0
intent_p3 : 0.0
intent_code : none
datatype : float32
bitpix : 32
slice_start : 0
pixdim : [1. 2. 2. 2. 0. 0. 0. 0.] ## ---> [1. 1. 1. 1. 1. 1. 1. 1.]
vox_offset : 0.0
scl_slope : nan
scl_inter : nan
slice_end : 0
slice_code : unkNown
xyzt_units : 10 ## ---> 0
cal_max : 0.0
cal_min : 0.0
slice_duration : 0.0
toffset : 0.0
glmax : 0
glmin : 0
descrip : b''
aux_file : b''
qform_code : aligned ## ---> unkNown
sform_code : aligned
quatern_b : 0.0
quatern_c : 0.0
quatern_d : 0.0
qoffset_x : -96.5 ## ---> 0
qoffset_y : -132.5 ## ---> 0
qoffset_z : -78.5 ## ---> 0
srow_x : [ 2. 0. 0. -96.5] ## ---> [1. 0. 0. 0.]
srow_y : [ 0. 2. 0. -132.5] ## ---> [0. 1. 0. 0.]
srow_z : [ 0. 0. 2. -78.5] ## ---> [0. 0. 1. 0.]
intent_name : b''
magic : b'n+1'
解决方法
好吧,如果有人在某个时候尝试这样做,我已经找到了一种使用以下代码的方法:
from nilearn import image
import nibabel as nib
comp_img = nib.load('spmT_0014.nii')
scores_img = image.new_img_like(comp_img,scores,copy_header=False)
以下哪项给我(上图是SPM,下图是我创建的图像):Comparison in SPM
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