如何解决如何在R中具有lme的模型中包含不完整的块设计?
我有一个包含嵌套因子和不完整块的析因设计:
- 因子1:树基因型(位于基因型起源中)-11级,每级3个重复
- 因子2:基因型起源-5个级别,每个级别3至5个基因型
- 因子3:承印物类型-3级
- 方块:在温室中种植树木的12张桌子
我首先用gls(nlme)编写了一个模型:
mod <- gls(shannon ~ Substrate*Genotype + Table,correlation = corCompSymm(form = ~ Genotype|Origin),weights = varIdent(form = ~ 1|Table),data = my_data,na.action = "na.omit")
我向一位同事寻求有关我的模型的帮助,以了解这是否是正确的方法,他建议我使用lme而不是gls。我之所以使用gls,是因为我知道“表格”的影响是很大的,并且我想删除带有权重的“表格”产生的方差,以便更好地评估“替代”和“基因型”的影响。
因此,我的问题是:我的模型是否可以使用gls还是应该按要求使用lme?如果我应该使用lme,有谁知道我应该如何编写该模型?
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