在FDA图中绘制凸包-R

如何解决在FDA图中绘制凸包-R

我正在尝试使用ggpubr软件包为该图中的每个组添加一个凸包吗？为什么它不起作用？

library(dplyr)
library(MASS)
library(ggplot2)
library(scales)
library(ggpubr)
library(data.table)

irisfda <- fda(Species ~ .,data = iris,method = mars)
  
df1 <- cbind(data.frame(irisfda$fit$fitted.values),species = iris[,"Species"])

ggplot(df1) +
  geom_point(aes(X1,X2,color = species,shape = species),size = 2.5) + 
  labs(x = "FDA1",y = "FDA1") +  
  stat_chull(aes(color =  species,fill =  species),geom = "polygon",alpha = 0.1)

解决方法

您还没有告诉stat_chull x和y点在哪里。您告诉了geom_point它们在哪里，但是当您将它们添加到绘图中时，几何和统计信息不会彼此继承。您既可以将x和y坐标添加到stat_chull，也可以将它们添加到ggplot调用中。然后 stat_chull可以继承它们，和您可以保存一些键入内容。

顺便说一句，您使用了library来调用dplyr，MASS，scales和data.table，这些在本示例中是不需要的，但是您忘记了mda的库调用，而：

library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(mda)

irisfda <- fda(Species ~ .,data = iris,method = mars)
df1 <- cbind(data.frame(irisfda$fit$fitted.values),species = iris[,"Species"])

ggplot(df1,aes(x = X1,y = X2,color = species,shape = species)) +
  geom_point(size = 2.5) + 
  labs(x = "FDA1",y = "FDA1") +  
  stat_chull(geom = "polygon",alpha = 0.1)