如何使用permanova

如何解决如何使用permanova

大家好：)我有一个数据集，该数据集的一列中包含5个不同物种的个体，以及它们在不同景观中的存在/不存在（其他7列）。

data.frame':    1212 obs. of  10 variables:
$ latitude   : num  34.5 34.7 34.7 34.8 34.8 ...
$ longitude  : num  127 127 127 127 127 ...
$ species    : Factor w/ 5 levels "Bufo gargarizans",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ Built      : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ Agriculture: int  1 1 0 1 0 0 1 0 0 0 ...
$ Forested   : int  0 0 1 0 0 0 0 1 1 1 ...
$ Grassland  : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ Wetland    : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ Bare       : int  0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 ...
$ Water      : int  1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 ...

我尝试使用permanova，然后进行Tukey测试，以查看该物种对景观的使用方式是否不同。我的主管在SPSS上做到了这一点，并且效果很好，所以我必须在R上做到这一点。

我看到我需要2个csv文件才能在R上运行permanova，但我只有一个。我将为您提供在互联网上找到的脚本，我想将其用于分析。

library(vegan)
data(dune)
data(dune.env)
# default test by terms
adonis2(dune ~ Management*A1,data = dune.env)

就我而言，如果我很了解，我应该有1个具有物种的数据框和1个具有环境变量的数据框。但是，我的在场/不在场是在环境类别内（请参阅上表的str）。因此，如果仅创建1个具有种类的数据框，则在具有种类的数据框中将不会有数值。

所以我完全迷路了。我不知道该如何处理。有人能帮助我吗？谢谢！

解决方法

我将答案分为两部分。一个我知道我在说什么的地方，另一个我在头脑风暴的地方;）

这是关于如何将数据分为两个数据帧的第一部分

# Set seed
seed(1312)
# Some sample data
sample_data <- dplyr::tibble(species=sample(LETTERS[1:5],size=500,replace=T),Built=sample(c(0,1),Agriculture=sample(c(0,Forested=sample(c(0,Grassland=sample(c(0,Wetland=sample(c(0,Bare=sample(c(0,Water=sample(c(0,replace=T))

# Split data
df1 <- sample_data %>%
  dplyr::select(species)
df2 <- sample_data %>%
  dplyr::select(Built:Water)

现在第二部分：正如?adonis2中所述，adnonis2的第一部分是一个公式，其中该公式的左侧部分必须是社区数据矩阵或相异矩阵

虽然我不确定这是否有意义，但我还是疯狂地遵循了：D

df2_dist <- dist(df2)
vegan::adonis2(df2_dist~species,data=df1) 

Permutation test for adonis under reduced model
Terms added sequentially (first to last)
Permutation: free
Number of permutations: 999

vegan::adonis2(formula = d2 ~ species,data = d1)
         Df SumOfSqs      R2      F Pr(>F)
species   4    5.333 0.15802 0.7038   0.88
Residual 15   28.417 0.84198              
Total    19   33.750 1.00000

当然，就内容而言，这可能是胡说八道，因为我在这里采用了纯粹的技术方法，但也许它可以帮助您根据需要调整数据的形状

如何解决如何使用permanova

解决方法

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