如何解决由于CPU或内存问题,我无法在R ..中运行summaryOverlaps函数?
我正在尝试为RStudio中的RNA-Seq实验运行以下代码(例如
> se <- summarizeOverlaps(features = ebg,reads = bamfiles,+ mode="Union",+ singleEnd=FALSE,+ ignore.strand=TRUE,+ fragments=TRUE)
Error in result[[njob]] <- value :
attempt to select less than one element in OneIndex
Error in serialize(data,node$con) : error writing to connection
这是我的变量的分配,以供进一步使用:
> bamfiles <- list.files("C:/Users/Desktop/Research/Summer 2020/YFV-17D",".bam")
> file.exists(bamfiles)
[1] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE'
> bamfiles <- BamFileList(bamfiles,yieldSize=200000)
> ebg <- exonsBy(txdb,by = "gene")
有人知道导致此错误的原因或原因吗?我以前用完全相同的变量赋值来运行summaryOverlaps,却没有任何问题。
如果还有更多细节可以解决,我很乐意提供这些信息,请给我任何反馈,以便我在下一个问题上做得更好。仍然在解决堆栈溢出的问题。
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