如何解决在对来自不同研究的基因表达数据进行聚类时,我们如何解释基因倍数变化及其相应的p值?
是否有一种方法可以通过考虑基因倍数变化(例如LFC)及其相应的p值来进行聚类分析?我的直觉是,在进行样本聚类时,尤其是对源自复杂疾病不同研究的数据进行聚类时,有些基因对样本差异的贡献要大于其他基因。考虑到这一点,我正在考虑同时使用基因LFC和p值来代表这一事实的分数,然后测量其欧几里德距离。我曾考虑过将LFC与-log10 p值相乘,但我想知道是否有合理的理由(统计或其他方式)? 当然,最近提出的Topconfect软件包最接近于此方法,但是使用了其他方法,但是是否有比我提出的方法更好的理由?
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