如何解决导入pandas.io.common时运行vispr会引发EmptyDataError
我正在尝试运行工具vispr,以便可视化mageck-vispr运行的结果。 我已经在conda环境中按照网站上的说明安装了所有内容。
不幸的是,在运行命令时
vispr server results/GSC.vispr.yaml
它引发错误
Traceback (most recent call last):
File "/fs/home/yeroslaviz/miniconda3/bin/vispr",line 6,in <module>
from vispr.cli import main
File "/fs/home/yeroslaviz/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/vispr/__init__.py",line 12,in <module>
from vispr.results import Screens,Screen
File "/fs/home/yeroslaviz/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/vispr/results/__init__.py",line 15,in <module>
from vispr.results import rna
File "/fs/home/yeroslaviz/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/vispr/results/rna.py",line 14,in <module>
from pandas.io.common import EmptyDataError
ImportError: cannot import name 'EmptyDataError' from 'pandas.io.common' (/fs/home/yeroslaviz/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/pandas/io/common.py)
根据我在网上可以找到的信息,尝试读取一个空文件时可能会发生此异常,但是被调用的GSC.vispr.yaml
文件中列出的所有条目都存在并且不为空。
如果有人可以帮助我缩小问题范围或提供解决方案,我将不胜感激。
谢谢
解决方法
我不确定找到的解决方案是否正确,但是我所做的只是注释掉rna.py
中的第14行
import pandas as pd
# from pandas.io.common import EmptyDataError
import numpy as np
现在vispr
正在工作。
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