如何在许多文件上运行python脚本来获取许多输出文件？

我是编程新手，我写了一个脚本从vcf文件中提取文本。 我正在使用Linux虚拟机并运行Ubuntu。 我已经通过命令行运行这个脚本，把我的目录改成带有vcf文件的文件，然后inputpython script.py 。

我的脚本知道哪个文件要处理，因为我的脚本的开始是：

my_file = open("inputfile1.vcf","r+") outputfile = open("outputfile.txt","w")

该脚本将我需要的信息放入列表中，然后将其写入输出文件。 但是，我有许多input文件（都是.vcf ），并且希望将它们写入到与input类似的不同输出文件（如input_processed.txt ）。

我是否需要运行一个shell脚本来迭代文件夹中的文件？ 如果是的话，我将如何改变python脚本来适应这个？ 即将列表写入输出文件？

这个shell命令是什么意思是“exec 3>＆1>>（logger -t”OKOK“）”

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我将它整合到Python脚本中，这将允许您轻松地在其他平台上运行它，并且不会添加太多的代码。

import glob import os # Find all files ending in 'vcf' for vcf_filename in glob.glob('*.vcf'): vcf_file = open(vcf_filename,'r+') # Similar name with a different extension output_filename = os.path.splitext(vcf_filename)[0] + '.txt' outputfile = open(output_filename,'w') # Process the data ...

要将结果文件输出到单独的目录中，我将：

import glob import os output_dir = 'processed' os.makedirs(output_dir,exist_ok=True) # Find all files ending in 'vcf' for vcf_filename in glob.glob('*.vcf'): vcf_file = open(vcf_filename,'r+') # Similar name with a different extension output_filename = os.path.splitext(vcf_filename)[0] + '.txt' outputfile = open(os.path.join(output_dir,output_filename),'w') # Process the data ...

你不需要写shell脚本，也许这个问题会帮助你？

如何列出目录的所有文件？

这取决于你如何实现迭代逻辑。

如果你想在python中实现它，只要做到这一点;

如果您想在shell脚本中实现它，只需将您的python脚本更改为接受参数，然后使用shell脚本使用适当的参数调用python脚本。

我有一个我经常使用的脚本，其中包括使用PyQt5弹出一个窗口，提示用户选择一个文件…然后它走过目录查找目录中的所有文件：

pathname = first_fname[:(first_fname.rfind('/') + 1)] #figures out the pathname by finding the last '/' new_pathname = pathname + 'for release/' #makes a new pathname to be added to the names of new files so that they're put in another directory...but their names will be altered file_list = [f for f in os.listdir(pathname) if f.lower().endswith('.xls') and not 'map' in f.lower() and not 'check' in f.lower()] #makes a list of the files in the directory that end in .xls and don't have key words in the names that would indicate they're not the kind of file I want

您需要导入os才能使用os.listdir命令。

你可以使用listdir（ 你需要编写条件来过滤特定的扩展名 ）或glob。 我通常更喜欢glob。 例如

import os import glob for file in glob.glob('*.py'): data = open(file,'r+') output_name = os.path.splitext(file)[0] output = open(output_name+'.txt','w') output.write(data.read())

该代码将从输入中读取内容并将其存储在outputfile中。