解决已经下载了包但是报错ModuleNotFoundError: No module named ‘bx.interval’

解决已经下载了包但是报错ModuleNotFoundError: No module named ‘bx.interval’

在跑hic-pro的test文件的时候,总是在一步卡住,追溯到log文件显示
前面显示的是from intervals import intersection in啥啥的,然后就显示没有这个‘bx.intervals’的模块。

ModuleNotFoundError: No module named 'bx.intervals'
  1. 错误的尝试
    查询了一下,说可能就是bx-python这个python包没有下载好,遂删掉了环境下的所有bx相关的,然后再重新下载,用以下命令:
pip install bx-python

但是还是一样的报错,我甚至怀疑和这个包根本没有关系,因为bx-python 和intervals包是并列放在了/lustre/home/acct-agrfyd/agrfyd/.conda/envs/py3.7/lib/python3.7/site-packages/路径下面的。(至于如何找一个下载好的包的路径就是 “pip install 包的名称”就会显示环境下的路径)
当我退回到 site-packages的路径下的时候,打开python(这个时候的环境要是再py3.7),然后

python3.7.7
>>>import bx.intervals
>>>
#显示是可以导入的

那这时候经过网页查询额书籍查询,了解到可能是导入模块的时候路径搜索出现了问题。
首先我们可以在site-packagesx下去查找sys.path文件

Python 3.7.7 (default, Mar 23 2020, 22:36:06) 
[GCC 7.3.0] :: Anaconda, Inc. on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import sys
>>> sys.path
['', '/lustre/home/acct-agrfyd/agrfyd/.conda/envs/py3.7/lib/python3.7/site-packages', '/lustre/home/acct-agrfyd/agrfyd/.conda/envs/py3.7/lib/python37.zip', '/lustre/home/acct-agrfyd/agrfyd/.conda/envs/py3.7/lib/python3.7', '/lustre/home/acct-agrfyd/agrfyd/.conda/envs/py3.7/lib/python3.7/lib-dynload', '/lustre/home/acct-agrfyd/agrfyd/.local/lib/python3.7/site-packages']
>>> 

这里出现的输出结果是由四个部分组成

  1. 程序的主目录:即程序(顶层)文件所在的目录,而非启动程序所在的目录(当前工作日目录)
  2. 环境变量(PYTHONPATH)目录
  3. 标准连接库目录
  4. 任何.pth文件内容(如果存在的话),在安装目录下找到该文件,以行的形式加入所需要的目录即可。

那么这个sys.path文件保存了模块搜索路径在机器上的实际配置,可以通过打印内置的sys.path来查看路径。
作用:导入模块的时候,python会由左至右搜索列表中的每一个目录,直到找到对应的module后。
其中①③是系统自定义的,而②④可以用于拓展路径,从而加入自己的源代码目录。

考虑是模块搜索路径出了问题,需要配置搜索路径,配置搜索路径的方式主要有3种:

一:用于当前终端:在当前终端中输入:export PATH=$PATH:<你的要加入的路径>不过上面的方法只适用于当前终端,一旦当前终端关闭或在另一个终端中,则无效。 export
NDK_ROOT=/home/jiang/soft/Android-ndk-r8e #只能在当前终端使用。
二:用于当前用户:在用户主目录下有一个 .bashrc 隐藏文件,可以在此文件中加入 PATH 的设置如下: $ gedit
~/.bashrc 加入:export PATH=<你的要加入的路径>: P A T H 如 果 要 加 入 多 个 路 径 , 只 要 : e x p o r t P A T H = < 你 要 加 入 的 路 径 1 > : < 你 要 加 入 的 路 径 2 > : . . . . . . : PATH 如果要加入多个路径,只要:export PATH=<你要加入的路径1>:<你要加入的路径2>: ...... : PATH如果要加入多个路径,只要:exportPATH=<你要加入的路径1>:<你要加入的路径2>:......:PATH当中每个路径要以冒号分隔。这样每次登录都会生效
添加PYTHONPATH的方法也是这样,在.bashrc中添加
export PYTHONPATH=/home/zhao/setup/caffe-master/python:/home/zhao/setup/mypy:$PYTHONPATH
保存后在终端输入 $ source ~/.bashrc 使环境变量立即生效

三:用于所有用户:$ sudo gedit /etc/profile 加入: export PATH=<你要加入的路径>:$PATH
就可以了。 终端输入:echo $PATH 可以查看环境变量
注意,修改环境变量后,除了第一种方法立即生效外,第二第三种方法要立即生效,可以source ~/.bashrc或者注销再次登录后就可以了!

因此我通过vi ~/.bashrc添加PYTHONPATH来修改了之后,就可以成功地调用模块,在任何目录下都可以了。

版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报,一经查实,本站将立刻删除。

相关推荐


我最近重新拾起了计算机视觉,借助Python的opencv还有face_recognition库写了个简单的图像识别demo,额外定制了一些内容,原本想打包成exe然后发给朋友,不过在这当中遇到了许多小问题,都解决了,记录一下踩过的坑。 1、Pyinstaller打包过程当中出现warning,跟d
说到Pooling,相信学习过CNN的朋友们都不会感到陌生。Pooling在中文当中的意思是“池化”,在神经网络当中非常常见,通常用的比较多的一种是Max Pooling,具体操作如下图: 结合图像理解,相信你也会大概明白其中的本意。不过Pooling并不是只可以选取2x2的窗口大小,即便是3x3,
记得大一学Python的时候,有一个题目是判断一个数是否是复数。当时觉得比较复杂不好写,就琢磨了一个偷懒的好办法,用异常处理的手段便可以大大程度帮助你简短代码(偷懒)。以下是判断整数和复数的两段小代码: 相信看到这里,你也有所顿悟,能拓展出更多有意思的方法~
文章目录 3 直方图Histogramplot1. 基本直方图的绘制 Basic histogram2. 数据分布与密度信息显示 Control rug and density on seaborn histogram3. 带箱形图的直方图 Histogram with a boxplot on t
文章目录 5 小提琴图Violinplot1. 基础小提琴图绘制 Basic violinplot2. 小提琴图样式自定义 Custom seaborn violinplot3. 小提琴图颜色自定义 Control color of seaborn violinplot4. 分组小提琴图 Group
文章目录 4 核密度图Densityplot1. 基础核密度图绘制 Basic density plot2. 核密度图的区间控制 Control bandwidth of density plot3. 多个变量的核密度图绘制 Density plot of several variables4. 边
首先 import tensorflow as tf tf.argmax(tenso,n)函数会返回tensor中参数指定的维度中的最大值的索引或者向量。当tensor为矩阵返回向量,tensor为向量返回索引号。其中n表示具体参数的维度。 以实际例子为说明: import tensorflow a
seaborn学习笔记章节 seaborn是一个基于matplotlib的Python数据可视化库。seaborn是matplotlib的高级封装,可以绘制有吸引力且信息丰富的统计图形。相对于matplotlib,seaborn语法更简洁,两者关系类似于numpy和pandas之间的关系,seabo
Python ConfigParser教程显示了如何使用ConfigParser在Python中使用配置文件。 文章目录 1 介绍1.1 Python ConfigParser读取文件1.2 Python ConfigParser中的节1.3 Python ConfigParser从字符串中读取数据
1. 处理Excel 电子表格笔记(第12章)(代码下载) 本文主要介绍openpyxl 的2.5.12版处理excel电子表格,原书是2.1.4 版,OpenPyXL 团队会经常发布新版本。不过不用担心,新版本应该在相当长的时间内向后兼容。如果你有新版本,想看看它提供了什么新功能,可以查看Open
1. 发送电子邮件和短信笔记(第16章)(代码下载) 1.1 发送电子邮件 简单邮件传输协议(SMTP)是用于发送电子邮件的协议。SMTP 规定电子邮件应该如何格式化、加密、在邮件服务器之间传递,以及在你点击发送后,计算机要处理的所有其他细节。。但是,你并不需要知道这些技术细节,因为Python 的
文章目录 12 绘图实例(4) Drawing example(4)1. Scatterplot with varying point sizes and hues(relplot)2. Scatterplot with categorical variables(swarmplot)3. Scat
文章目录 10 绘图实例(2) Drawing example(2)1. Grouped violinplots with split violins(violinplot)2. Annotated heatmaps(heatmap)3. Hexbin plot with marginal dist
文章目录 9 绘图实例(1) Drawing example(1)1. Anscombe’s quartet(lmplot)2. Color palette choices(barplot)3. Different cubehelix palettes(kdeplot)4. Distribution
Python装饰器教程展示了如何在Python中使用装饰器基本功能。 文章目录 1 使用教程1.1 Python装饰器简单示例1.2 带@符号的Python装饰器1.3 用参数修饰函数1.4 Python装饰器修改数据1.5 Python多层装饰器1.6 Python装饰器计时示例 2 参考 1 使
1. 用GUI 自动化控制键盘和鼠标第18章 (代码下载) pyautogui模块可以向Windows、OS X 和Linux 发送虚拟按键和鼠标点击。根据使用的操作系统,在安装pyautogui之前,可能需要安装一些其他模块。 Windows: 不需要安装其他模块。OS X: sudo pip3
文章目录 生成文件目录结构多图合并找出文件夹中相似图像 生成文件目录结构 生成文件夹或文件的目录结构,并保存结果。可选是否滤除目录,特定文件以及可以设定最大查找文件结构深度。效果如下: root:[z:/] |--a.py |--image | |--cat1.jpg | |--cat2.jpg |
文章目录 VENN DIAGRAM(维恩图)1. 具有2个分组的基本的维恩图 Venn diagram with 2 groups2. 具有3个组的基本维恩图 Venn diagram with 3 groups3. 自定义维恩图 Custom Venn diagram4. 精致的维恩图 Elabo
mxnet60分钟入门Gluon教程代码下载,适合做过深度学习的人使用。入门教程地址: https://beta.mxnet.io/guide/getting-started/crash-course/index.html mxnet安装方法:pip install mxnet 1 在mxnet中使
文章目录 1 安装2 快速入门2.1 基本用法2.2 输出图像格式2.3 图像style设置2.4 属性2.5 子图和聚类 3 实例4 如何进一步使用python graphviz Graphviz是一款能够自动排版的流程图绘图软件。python graphviz则是graphviz的python实