python 学习之 fasta/fastq 处理利器--pyfastx

 

001、 fasta序列迭代

 

(base) root@PC1:/home/test2# cat a.fasta         ## 测试fasta文件
>gene1 myc
AGCTGCCTAAGC
GGCATAGCTAATCG
>gene2 jun
ACCGAATCGGAGCGATG
GGCATTAAAGATCTAGCT
>gene3 malat1
AGGCTAGCGAG
GCGCGAG
GATTAGGCG
>>> import pyfastx                             ## 导入包
>>> fa = pyfastx.Fastx('a.fasta')              ## 读取fasta文件
>>> type(fa)
<class 'Fastx'>
>>> for i,j,k in fa:                           ## 迭代， i默认那么； j序列； k注释。
...     print(i)
...     print(j)
...     print(k)
...
gene1
AGCTGCCTAAGCGGCATAGCTAATCG
myc
gene2
ACCGAATCGGAGCGATGGGCATTAAAGATCTAGCT
jun
gene3
AGGCTAGCGAGGCGCGAGGATTAGGCG
malat1