微信公众号搜"智元新知"关注
微信扫一扫可直接关注哦!

linux 中shell统计fasta文件中每条染色体上的碱基数目

 

001、

root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# ls
test.fa
root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# cat test.fa
>Chr1
ACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAACCCTAAAC
ACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAACCCTAAAC
>Chr2
ACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAAC
>Chr3
CCCTAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACC
CCCTAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACC
CCC
>Chr4
CCCTAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACC
CCCTAAC
root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# awk '{if($0 ~ /^>/) {print a, sum; a=$0; sum = 0} else {sum += length($0)}} END {print a, sum}' test.fa

>Chr1 100
>Chr2 37
>Chr3 103
>Chr4 57

 

版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报,一经查实,本站将立刻删除。