我已经安装了samtools，并且以前在计算机上使用过它。我正在尝试使其立即运行，但是当我在终端（mac os
我正在从事一个生物信息学项目，该项目涉及很大的<a href="https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format12" rel="n
我有10个样本，可以得到配对的末端读数：
<pre><code> file1_R1.fq (mate 1)
file1_R2.fq (mate 2)
...
file10_
你好，我只想对一组文件应用循环，而不是对我的所有文件进行循环，我只想对目录中的某些文件进行
我已经看到如下使用 varscan 管道 samtools
<pre><code>samtools mpileup -f reference.fasta sample1.bam sample2.bam | java -ja
我正在使用 BWA MEM 将双端 fastq 文件与两个参考序列（50bp 和 80bp）对齐：
<块引用>
参考1
TCGTAACGCAAGTT
我正在使用 subprocesss.run() 在 python 中运行 samtools 命令。代码如下：
<pre><code>result = subprocess.run(['sam
我对 bam/sam 文件很陌生，但我想估计到参考 (NM) 的编辑距离，不是在我的所有读取长度上，而是在每次
我使用 Picard 仅标记我阅读了 MarkDuplicates 手册的光学副本。我的脚本看起来像这样
<pre><code>#!/usr/bin/ba
我正在尝试将 <em>x</em> 个通过一次执行多个比对生成的 bam 文件（批量 <em>y</em> 个 fastq 文件）合并到一
我一直收到这个错误；
<pre><code>ERROR: rseqc/3.0.0 requires several additional modules. Run the following
commands to load
在比对序列读数并转换为 BAM 后，我可以看到 9 碱基缺失的存在。
mpileup 和 bcftools 也正确调用了这
我在具有 8 个 CPU 的谷歌 VM 上运行 <code>samtools</code>。似乎当该过程完成时，程序崩溃并出现以下错误。
我正在使用 <code>--use-conda</code> 选项运行 Snakemake。 Snakemake 成功创建了环境，其中应该包括 pysam。我能够
我正在尝试在管道时并行运行命令。原因是中间文件太大了，放不下
我有以下代码，它们可以单独
我无法找到一种方法来在基于 AWS linux 的操作系统中安装生物信息学和其他受支持的软件包，而这些软件
我正在尝试使用来自 <a href="https://obgyn.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/pd.4615" rel="nofollow noreferrer">here</a>
我想使用 <a href="https://pysam.readthedocs.io/en/latest/index.html" rel="nofollow noreferrer">pysam</a> 库将我的 SAM 文件转
我正在尝试将我的工作流程从 bwa 升级到 bwa-mem2。此命令通常有效。
<pre><code>/usr/local/bin/bwa mem -K 100000
我想提取 readname 列表，其中一个是唯一映射的，另一个是多映射的。
然而，经过一些尝试和错误
