我正在尝试使用包含蛇形 <a href="https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#external-scripts" rel="nofoll
我在解决snakemake 中遇到的问题时遇到了麻烦。我的样本目前被命名为“1-2-Brain_187_006_S77_L002_R1_001.fastq.gz
我想收集与正则表达式 <code>^fs_node\d+\.xyz$</code> 匹配的所有文件，但我不知道如何编写扩展以便 glob 使用
我想对管道中的每个样本进行特定的修剪。
我在下面的配置中有一个示例列表：
<pre><code>########
我正在将一个多 fasta 文件解析为单个 fasta 文件，我想为每个文件创建通配符，因为需要为每个文件并行
我使用snakemake 来描述GATK 管道。我需要运行以下命令：
<pre><code>./../gatk-4.1.3.0/gatk --java-options ""-
我正在编写一个蛇形模型，以通过 Nanopore 测序产生 Sars-Cov-2 变体。我正在编写的管道基于 <a href="https://a
我正在尝试将 STAR 包装器用于 snakemake（描述为 <a href="https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html"
我想使用 <code>--config</code> CLI 选项传递要通过我的 Snakemake 工作流程生成的文件名列表。我需要什么语法？
我有以下蛇形制作工作流程：
<pre><code>rule all:
input:
dynamic(os.path.join(config['out_dir'],'{
我在我的工作流程中使用了一些 conda 环境，其中包含在环境 bin/ 路径中<strong>不</strong>的有用资产（数
当您使用--restart-times >= 1 执行snakemake 脚本时，它将尝试重新执行失败的运行。重新执行时，可以通过“
我想重命名和移动我的 <code>Finalize GroupAggregate (cost=440073.16..443607.99 rows=6779 width=40) (actual time=25504.816..2556
我正在编写一条蛇形管道，以最终识别冠状病毒变种。
下面是一个包含三个步骤的最小示例：
<
我正在尝试在 conda/mamba 环境中通过snakemake 使用鲑鱼处理大量RNA-seq 数据。
我在运行 snakemake 时收到
我和我的同事使用 Snakemake 构建了一个读取映射和变体调用管道。我们使用了两组不同的短读全基因组样
<strong>蛇形版本</strong>
<code>5.25.0</code>
<strong>描述错误</strong>
我正在尝试按组 <code>merge</code>-like oper
我在执行 Snakemake 工作流程时遇到问题，希望您能帮助我。<br/>
如果我在本地机器上运行管道，一切都很
我有 2 个参数，我试图在 Snakemake 中对其进行迭代。使用 expand 这通常是可行的，但是，我想在命令行中
我需要在 snakemake 中创建一个嵌套循环，到目前为止我已经尝试了不同的方法，但没有任何效果。
