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我对 Snakemake 比较陌生,我想知道在使用奇点环境时是否可以从另一个脚本导入本地 python 模块。在 <a hre
我尝试强制 Snakemake 依次运行规则(包含许多作业)以避免内存冲突。 <pre class="lang-py prettyprint-override
我是snakemake的新手,我从github下载了一个使用snakemake的包,我成功运行了一次,但是由于我的数据很大
我想与某人共享一条蛇形管道,并希望为他们进行一步设置,例如: <code>conda create -f my_env.yml</code>
我喜欢在snakemake中使用rmd脚本选项的便利性,比如 <pre class="lang-py prettyprint-override"><code> script:
您有一个管道,其中一些样本有一个输入文件并生成一个输出文件,而其他样本有两个输入文件并生成
我有一个针对这个问题非常简化的工作流程,如下所示: <pre class="lang-yaml prettyprint-override"><code>rule al
我想使用我自己定义的 yaml 环境中的 HOMER annotatePeaks.pl (<a href="http://homer.ucsd.edu/homer/ngs/annotation.html" rel="n
在我在 Snakemake 规则中运行的 python 脚本中,我尝试使用安装在我的 conda 环境之一中的 python 包 <code>=IF(A1
我已经搜索了一段时间,<a href="https://stackoverflow.com/questions/44561183/multiple-inputs-and-outputs-in-a-single-rule-snake
我在 snakemake 中使用的工具之一可以在 N 种情况之一的相同数据上返回一个奇怪的信号(非零状态)并且
我正在开发我的第一个 Snakemake 工作流程,但由于错误而卡住了。 我想先从一条规则开始测试我的
我正在尝试通过 Snakemake 工作流程对多个数据使用 porechop。 在我的 Snakefile 中,除了 all 规则之外,
我在使用 snakemake 时遇到了一些奇怪的事情。这是一个简单的例子来向您展示问题。 以下蛇文件有效(sa
在这个 Snakemake 脚本中,<code>rule all</code> 定义了一个目标,还有其他三个规则将该目标声明为输出:
我目前正在研究一个简单的工作流程,从 SRA 下载 fastq 文件,修剪它们,然后与参考对齐。不幸的是,
我编写了 Snakemake 规则,它运行 Muscle(MSA 工具)来计算目录中所有文件的多序列比对 (MSA)。该任务非常
编辑:我们实际上从 Snakemake 本身开始 <a href="https://github.com/snakemake/snakemake/pull/1111" rel="nofollow noreferrer">a
我正在尝试使用 RStudio 中的 <code>recticulate</code> 读取 Python 列表对象并将其转换为 R 向量。根据 <a href="htt
我正在努力编写一个蛇形管道来从 aws s3 实例下载文件。<br/> 因为我在s3上文件的组织和命名不一致,我