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<strong> TLDR </strong>我遇到以下错误: <blockquote> “ conda”命令在您的奇异容器图像内不可用。 Snakema
snakemake的某些参数遵循key = value模式。我想将它们添加到snakemake配置文件yaml文件中。 例如,命令
说我正在遵循针对<a href="https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/deployment.html#distribution-and-reproducibility"
我有一个使用全局奇异性图像和基于规则的conda包装器的管道。 但是,某些工具没有包装器(<em>即
这是一个非常奇怪的问题。 当我在<code>For Each k In dict isConsider = False lvl = False </code>部分中指定的<code>
我有两个带有fastq文件的列表,列表中的每个元素都彼此对应(列表1中的第一个fastq对应于列表2中的第
我尝试在<a href="https://github.com/Snakemake-Profiles/lsf" rel="nofollow noreferrer">LSF profile</a>的LSF上使用snakemake,但
我用'<em> snakemake </em>'建立了一个管道并运行它,得到了一些输出文件,当我第二次运行该管道时,它将
是否可以通过<code>script</code>指令轻松保存来自执行Python脚本的snakemake规则的日志?该脚本使用的库已经
我有两个通配符,第一个通配符,第二个通配符基本上是特定物种的每个文件的计数器。例如,我有Cow_A
我对Snakemake如何在规则中并行化作业感到非常困惑。我想为每个输入使用一个核心(分别处理输入,而
我希望能够编写工作流程,以便我可以选择要在config.json文件中运行的可选规则。例如,如果我有一个包
Snakemake似乎以广度优先的方式遍历DAG。是否有可能(例如通过一个选项/标志/等等)强迫snakemake遍历DAG
如果它们的输出文件已经存在,我想跳过中间规则。 例如,如果要在此基本Snakefile中运行第二条规
我正在包装Snakemake管道所需的软件。其中包括R 4.0.2安装以及Tidyverse和一些Bioconductor软件包(全部通过Cond
是否可以使用<strong> Snakemake的</strong> --config命令行选项覆盖嵌套的配置选项?例如:使用<code>config[&#39;st
这是我第一次创建Docker容器的尝试。 我需要为旧版<code>VarScan2</code>创建一个容器,所以我大部分基于<a h
我正在研究生物信息学管道,该管道必须能够运行不同的规则以根据输入文件的内容产生不同的输出:</
我在从输入文件名中导出变量时遇到问题-尤其是如果您要基于分隔符进行拆分时。我尝试了不同的方法
我因为一个简单的规则而出错。我必须为另一个程序编写一个任务文件,并且需要一个tsv文件。我从配