我开发了MOSCA，这是一种用于元组学分析的管道（MG与MT），可通过Bioconda获得。我想将其转换为snakemake，
我有一个包含多个目录的目录：
<pre><code>Uncaught TypeError: Error resolving module specifier “emailjs-com”. Relativ
我正在与Snakemake一起进行NGS分析。我有一个输入文件列表，存储在YAML文件中，如下所示：
<pre><code>DAT
首先，这是一个测试示例（Snakefile）：
<pre><code>rule test:
input:"path/file1", "path/file2"
ou
我想知道是否可以在Snakemake管道中创建/回显所有已安装的conda软件包/依赖项的列表。我目前正在使用.yam
我一直在尝试创建可移植的snakemake包装器，该包装器在“ wrapper.py”脚本中执行预先创建的脚本。到目前
我有一条规则在我的Snakemake管道中运行megahit基因组组装程序：
<pre><code>rule perform_assembly_using_megahit:
所以我以为我终于掌握了snakemake，但是当尝试运行多个不同的数据文件时，我意识到它仍然无法正常工
假设我有一个蛇形规则，如下：
<pre><code>rule ExampleNoShadow:
input:
inFile = "{runPath}/{sample}_inFil
我有两个蛇文件A和B。
A生成的最后一个文件是一个包含一系列文件的目录，该文件将在蛇文件B中用于第
我要使用以下命令行在文件夹中创建BAM文件列表：
<pre><code> ls *.bam > bam_list
</code></pre>
但是，我
我在Stackoverflow上看到了与此类似的问题，但是抱歉，我无法解决它。
我正在使用一条蛇形管道中
我想使用snakemake一个接一个地运行多个规则。但是，当我运行此脚本时，bam_list规则出现在samtools_markdup
我遇到通配符无法转换为假定值的麻烦。这是Snakefile：
<pre><code>import pandas as pd
configfile: "config.json
为了节省PC上的空间，我正在使用snakemake中的<code>FrameLayout</code>函数。这消除了<code>temp()</code>目录中的
运行变体调用后，我只想合并特定的输出，如<code>d</code>所示。
这给了我<code>error of missing input files</code>
有没有一种方法可以打印出有用的消息并允许Snakemake退出工作流程而不会出错？我有这个示例工作流程
我正在将<a href="https://github.com/Snakemake-Profiles/slurm" rel="nofollow noreferrer">Snakemake slurm</a>配置文件与包含许
我将读取与<code>bwa</code>对齐，并将变体与<code>gatk</code>调用。 <code>gatk</code>需要为参考基因组创建<code>di
最近，我开始使用snakemake进行数据分析。
我仍然是一个初学者，这是我有关stackoverflow的第一篇文章。</p
