我在集群系统中运行snakemake时遇到了一个问题，“missingoutputfile”，我搜索试图解决这个问题，可能是因
我在 Snakemake 管道结束时使用一系列 R 降价脚本生成报告。如果其中一个 Markdown 文件出现错误并失败，
我正在学习 Snakemake，我对 <code>wildcard.wildcard_name</code> 和 <code>{wildcard_name}</code> 之间的区别感到困惑。例
我有一个 Snakefile，它有一个发送 7 个不同 shell 命令的规则。
我想在 <code>sbatch</code> 中运行这些 shell 命
我有一个关于资源和线程的问题（我不清楚 <a href="https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#resou
我刚刚从snakemake 5.28 更新到5.32，现在<code>from snakemake.utils import read_job_properties</code> 在我的snakemake 配置
我的项目可能会出现输入数据集被覆盖但内容未更改的情况。 Snakemake 有没有办法使用校验和而不是时间
我有几个文件夹
<pre><code>folder_1234
folder_4321
</code></pre>
我想将一个文件 <code>myfile.sh</code> 从一个文
我开发了一个用 Snakemake 编写的管道，用于基因组变异调用分析。
我正在尝试 <a href="https://github.com/ray2g/
我正在尝试使用 --tibanna 选项在 AWS 上运行 snakemake。我确实按照此 <a href="https://snakemake.readthedocs.io/en/stabl
我正在使用 slurm 作业队列系统在集群的登录节点上运行 snakemake。
不幸的是，如果 slurm 作业超时，
当我在 Snakemake 规则的 shell 部分使用 Unix <code>split</code> 命令时出现错误：
<pre><code>rule split:
input:
我正在尝试创建一个管道，该管道将在 <code>config.yml</code> 中采用用户配置的目录（他们从 BaseSpace 下载
我想知道是否可以将 ./snakemake/conda 移动到新位置，而无需 Snakemake 尝试使用新哈希 (yaml) 重新安装所有环
我正在使用 snakemake 来运行我的管道。
<pre><code>rule fisrt_rule:
input: "{sample}/path/to/{sample}.txt"
尝试设置基本的读取映射工作流程。读取映射规则运行正常并生成 .sam 文件，但 snakemake 跳过在该 .sam 文
假设您有一个带有通配符（以下示例中的 <code>wc</code>）的工作流，并且您希望针对该通配符的大量不同
我在集群运行中使用了snakemake=5.25.0。这是一个问题。
规则是：
<pre class="lang-py prettyprint-override">
我无法理解分配给蛇形作业的线程和资源如何转化为 slurm 分区上每个蛇形作业分配的内核数。我在运行
我试图理解为什么我请求的内核数量是我的 sbatch 作业的两倍。
据我所知，我的分区有 106 个线程：
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