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snakemake
snakemake专题提供snakemake的最新资讯内容,帮你更好的了解snakemake。
使用 SnakeMake,如何传递名称中带有破折号的 SLURM 标志?
我正在使用 Snakemake 在 SLURM 集群上执行规则。 此集群的强制标志之一是 <code>ntasks-per-node</code>,它
作者:佚名 时间:2022-05-23
Snakemake 扩展功能替代
一段时间以来,我一直在制作具有多个输入和单个输出的工作流时遇到一些困难,如下所示。下面的代
作者:佚名 时间:2022-05-23
蛇形
谁能告诉我下面snakemake官方教程中<code>{sample}</code>和<code>{wildcard.sample}</code>的区别? 它们都等于“A”还
作者:佚名 时间:2022-05-23
Snakemake 在命令行中从嵌套的 config.yaml 文件中指定配置参数
假设我有一个 config.yaml 文件,如下所示 <pre><code>results: "results/" reference_database: "data/zymogen_ali
作者:佚名 时间:2022-05-23
当并非所有作业都成功输出先前规则中的文件时,如何编写蛇形输入?
基本上,我有三个蛇形规则(除了规则全部)并且无法解决这个问题,尽管有检查点资源。 规则一
作者:佚名 时间:2022-05-23
蛇形 --max-jobs-per-second 参数被忽略
我目前正在我部门的集群 (SGE) 上运行 Snakemake。为此,我使用了一个研讨会提供的模板来运行并将作业提
作者:佚名 时间:2022-05-22
在一个作业步骤中处理输入数组
我有一个规则,它从一个方法中获取一组 fastq 文件并将它们转换为符号链接,以便独立于它们的名称更
作者:佚名 时间:2022-05-22
一次运行两个使用相同 conda 环境的作业时出现 snakemake 错误
我在执行 Snakemake (6.0.0) 工作流时遇到错误,导致在同一节点上同时启动两个作业,这两个作业都使用相
作者:佚名 时间:2022-05-22
提交 Snakemake 管道时 Slurm 上的 JobHeldAdmin 状态
使用以下方法提交到 Slurm 时 <pre><code>snakemake --cluster "sbatch --mem-per-cpu=16G --ntasks=4 --mail-type=ALL --parti
作者:佚名 时间:2022-05-22
来自文件的示例输入
我正在尝试为示例文件中的规则创建输入。示例文件包含一个 Column SampleID,它应该用作示例通配符。我
作者:佚名 时间:2022-05-22
在 Snakemake 中丢弃部分文件名:“无法从输出文件中确定输入文件中的通配符”
我遇到了 Snakemake 的 <code>WildcardError: Wildcards in input files cannot be determined from output files</code> 问题。问题是
作者:佚名 时间:2022-05-22
Snakemake Checkpoints 聚合跳过中间规则
我有一个 python 脚本,它需要一堆 fasta 和 gff 文件,并将基于相似 COG ID 的序列收集到主 COG 目录中的各
作者:佚名 时间:2022-05-18
有没有办法在蛇形工作流程中访问 --cores 参数?
如果我运行 <code>snakemake --cores 56</code>,是否可以访问蛇形规则中的参数? 我意识到我可以有一个 c
作者:佚名 时间:2022-05-20
带有`snakemake`的MD任务
我想为分子动力学模拟创建一个非常简单的管道。程序(Amber)只需要 3 个文件作为输入,并生成了很多
作者:佚名 时间:2022-05-20
使用检查点时将目录作为通配符
我曾尝试将子目录用作通配符,但 <code>snakemake</code> 会将通配符扩展到子目录中。我试图想出一个最小
作者:佚名 时间:2022-05-18
Snakemake:参数键的通配符
我正在尝试创建一条蛇形规则,其输入和输出是由通配符指定的配置参数,但存在问题。 我想做类
作者:佚名 时间:2022-05-17
snakemake:conda env 特定 smk 文件的相对路径,而不是执行路径即带有规则全部的 Snakefile
我编写了一个 snakemake 工作流程,为了使代码更易于管理,我将规则拆分为单独的 <code>smk</code> 文件。我
作者:佚名 时间:2022-05-17
在 Snakemake 中使用 cutadapt 适配器文件输入
我是 Snakemake 的新手,正在尝试移植我的 BASH 代码以使用 Snakemake 规则。免责声明,我试图在 shell 块中使
作者:佚名 时间:2022-05-17
Snakemake:子工作流与主 DAG
我有一个主 Snakefile 和几个在独立子目录中运行的子工作流(路径相对于它们自己的目录)。我注意到,
作者:佚名 时间:2022-05-16
在不定义绝对路径的情况下访问外部蛇形目录中的脚本
我的最终目标是在 GitHub 存储库上托管一个 snakemake 工作流程,该存储库可以作为 snakemake 模块访问。我
作者:佚名 时间:2022-05-16
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