如何解决R Roxygen:在示例中没有找到导入的函数
在我正在编写的包的函数中,我想根据公式和数据创建一个 cox ph 模型。没什么了不起的,该功能按预期工作。在内部,我调用了 coxph
函数,后者又调用了 Surv
函数(都来自生存包)。
在向 roxygen 标头添加示例时,我在测试时收到以下错误消息:
生存错误(时间,状态):找不到函数“生存”
在 roxygen 标头中,我已经声明了导入(仅使用函数但也尝试了整个包),并且 NAMESPACE 文件清楚地列出了导入。将包加载到干净的工作区(没有加载生存)时,该函数也可以工作(如果我删除了导入,则不会)。
如何确保示例具有正确的可用命名空间?我不想使用 \dontrun
。
缩写函数(不打算运行,语法不正确,只是上下文发生的事情的简化版本):
#' @importFrom survival coxph Surv
build_cox_model <- function(params) {
cox_form <- basecamb::build_model_formula(params)
cox_model <- survival::coxph(data,cox_form)
}
扩展错误信息:
data <- survival::lung
build_cox_model(data,'time','status',c('age','sex'))
Error in Surv(time,status) : could not find function "Surv"
Calls: build_cox_model ... eval -> <Anonymous> -> model.frame.default -> eval -> eval
Execution halted
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