从 Apt 存储库安装特定版本的 R

如何解决从 Apt 存储库安装特定版本的 R

R 志愿者目前为 R ~3.5 和 ~4.0 维护 Ubuntu 软件包存储库。对于仿生海狸，这些是：

我正在构建单独的 Singularity 容器，我需要在其中安装非常特定的 R 版本；似乎在这些存储库中提供。具体来说，我希望构建包含 R 版本 3.6.1、4.0.3 和 4.1.0 的容器；每个版本一个容器。

我在容器构建脚本中执行此操作，首先添加适当的 Apt 源，然后使用固定版本运行安装。我注意到只有使用包存储库中列出的精确版本号才能运行它并且在同一版本中还包含 r-recommended。例如，对于 R 3.6.1：

apt install -y r-base=3.6.1-3bionic r-recommended=3.6.1-3bionic

这会正确安装给定版本的 r-base 和 r-recommended。但是，当我运行容器化 R 时，R 实际上报告自己处于这些存储库提供的最新版本（分别为 3.6.3、4.1.0 和 4.1.0）。据推测，鉴于 r-base 是正确的，这甚至可能表明它们处于损坏状态。

查看 Apt 的输出，很明显许多其他 r-* 包默认为最新版本，而不是我指定的版本。为了解决这个问题，我尝试在所有默认为最新版本的软件包上明确设置版本。例如，再次使用 R 3.6.1：

apt install -y r-base=3.6.1-3bionic \
               r-base-core=3.6.1-3bionic \
               r-base-dev=3.6.1-3bionic \
               r-base-html=3.6.1-3bionic \
               r-doc-html=3.6.1-3bionic \
               r-recommended=3.6.1-3bionic

但是，这无法正常工作，抱怨与它尝试安装的其他软件包（r-cran-* 软件包，IIRC）发生冲突。

我不知道这是一个 Apt 的东西，一个 R 的东西，还是与他们的存储库有关的东西。有没有办法可以从官方来源安装这些特定版本，而无需自己构建任何东西？（如果没有，他们将旧版本保留在存储库中有什么意义？）

解决方法

感谢@Chris 的 tip-off，理解上述 R 包的结构很重要。

r-base 是一个元包，其中包括 r-base-core 和 r-recommended。 r-recommended 是另一个元包，其中包含一组推荐的 R 包，这些包在尝试固定到版本时引入了不兼容性。

对于仅 R 二进制文件和文档，固定到特定的 ${VERSION}，这将起作用：

apt install -y --no-install-recommends \
  r-base-core=${VERSION} \
  r-base-html=${VERSION} \
  r-doc-html=${VERSION}

如果您想构建软件包，您还需要 r-base-dev=${VERSION} 在其中。

从 Apt 存储库安装特定版本的 R

如何解决从 Apt 存储库安装特定版本的 R

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