如何解决更改奇点容器中的 $HOME 文件夹
请您指教:
给定一个奇点容器,如何将文件从本地驱动器复制到奇点容器?
我正在使用在以下位置描述的奇点容器:
https://hub.docker.com/r/tobneu/slamdunk
(从 docker 镜像中,我为 SLURM 集群制作了一个奇点镜像)
我在 stackoverflow 上搜索了答案,但是,我只找到了相反问题的答案,即将文件从奇点容器复制到本地驱动器。
https://stackoverflow.com/questions/59736299/transferring-files-from-the-singularity-container-into-the-local-directory
非常感谢,
博格丹
解决方法
正如前面提到的 on your previous question,singularity 有 -H
/--home
命令行参数。
singularity exec -H /labs/zzz/data my_image.sif bash -c 'echo "HOME=$HOME";echo "PWD=$PWD"'
# HOME=/labs/zzz/data
# PWD=...
,
不过,我将重新表述这个问题,因为我已经注意到奇点容器会看到我在 SLURM 集群上的 $HOME 文件夹(即 /home/btanasa ).
请,如果我可以重新表述这个问题:我应该如何更改奇点容器看到的 $HOME 文件夹,例如 /labs/zzz/data ?感谢一百万!
,最后,我让它工作了。是否有人需要知道标题中问题的答案,下面使用 --bind
和 --home:
singularity exec \
--bind /local/scratch/btanasa:/output8 \
--home /labs/jlgoldbe/MASSY_data_SLAMseq/the_SAMPLES_MAY2021:/home \
/labs/jlgoldbe/MASSY_data_SLAMseq/the_SAMPLES_MAY2021/SLAMDUNK_SINGULARITY/slamdunk_latest.sif slamdunk all \
-r GRCm38.primary_assembly.genome.fa \
-b 3UTRs_vM14_github_repository.27aug2020.sortdesc.LONG.with.SYMBOLS.to.use.bed \ -o /output8 \
-t 4 \
./8_R1_001.fastq.gz
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