如何解决访问 SLURM 群集节点的临时文件夹
感谢您的建议和建议:
我正在使用 SLURM 集群,我的同事建议在集群上运行一个奇点容器,并将奇点容器的输出重定向到托管在每个计算节点的 /scratch 文件夹中的文件夹。
例如:
singularity exec --bind /local/scratch/bt:/output \
singularity_latest.sif run \
-o /output
我想问一下:如何访问计算节点“scratch”中的“output”文件夹?非常感谢!
博格丹
解决方法
您可以将 --bind
视为有点像符号链接。在主机操作系统上运行 ls /local/scratch/bt
相当于在 exec 进程中运行 ls /output
。
mkdir scratch
touch scratch/file1
ls -l scratch
# total 0
# -rw-rw-r-- 1 tsnowlan tsnowlan 0 Jun 8 09:13 file1
singularity exec -B $PWD/scratch:/output my_image.sif ls -l /output
# total 0
# -rw-rw-r-- 1 tsnowlan tsnowlan 0 Jun 8 09:13 file1
# singularity also accepts relative paths
singularity exec -B scratch:/output my_image.sif touch /output/file2
ls -l scratch
# total 0
# -rw-rw-r-- 1 tsnowlan tsnowlan 0 Jun 8 09:13 file1
# -rw-rw-r-- 1 tsnowlan tsnowlan 0 Jun 8 09:16 file2
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