如何解决如何在linux中将当前目录设为主目录
请您帮我提出以下建议:
我在 SLURM 集群上使用一个帐户,其中我的主目录(即 /home/user)的存储空间最大为 32 GB
我在 SLURM 集群上运行一个奇点容器,该容器仅在输入文件位于主目录(/home/user 具有 32 GB)中时才起作用,而不是使用 SLURM 上的任何其他位置集群(即我们有 7TB 的 /labs/professor)
问题是:有没有办法将大账户空间(即/labs/professor)设置为“主目录”,以便奇异容器运行?
非常感谢,非常感谢,
--波格丹
解决方法
您可以随意更改变量 HOME
(但我不建议您这样做,除非您知道会发生什么变化)
但更简单的方法是为您喜欢的目录添加软链接,我个人也是这样做的。
ln -s path/of/dir path/to/dir
您可以制作或编辑user-dirs.dirs
目录下的~/.config
文件到此
SECOND_HOME="/labs/professor"
XDG_DESKTOP_DIR="$SECOND_HOME/Desktop"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$SECOND_HOME/Downloads"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$SECOND_HOME/Documents"
XDG_MUSIC_DIR="$SECOND_HOME/Music"
XDG_PICTURES_DIR="$SECOND_HOME/Pictures"
XDG_VIDEOS_DIR="$SECOND_HOME/Videos"
XDG_TEMPLATES_DIR="$SECOND_HOME/Templates"
XDG_PUBLICSHARE_DIR="$SECOND_HOME/Public"
在这里您可以更改系统使用的默认目录。您可以随意更改您的SECOND_HOME
编辑: 如果您想更改默认 HOME,请在用户登录时覆盖 HOME 变量(这取决于您使用的显示管理器,但很简单)
但在此之前,将所有内容(即 .config、.local 等)目录移动到您要设置为 HOME 的目录(例如 /labs/professor)
或者你可以直接运行
usermod -m -d /newhome/username username
这里的 -m(--move-home 的缩写)会将内容从用户当前目录移动到新目录。
,如果您只想将奇点用作 HOME
,可以通过 command line 进行设置。
singularity exec --help
# ...
# -H,--home string a home directory specification. spec can
# either be a src path or src:dest pair. src
# is the source path of the home directory
# outside the container and dest overrides
# the home directory within the container.
# (default "$HOME")
# ...
singularity exec -H /labs/professor:/home ls -l /home
# will match
ls -l /labs/professor
,
我尝试添加评论,但格式不正确。如果你不介意,我会在这里添加:
我让管道以下列方式运行:
singularity exec \
--bind /local/scratch/btanasa:/output8 \
--home /labs/jlgoldbe/MASSY_data_SLAMseq/the_SAMPLES_MAY2021:/home \
/labs/jlgoldbe/MASSY_data_SLAMseq/the_SAMPLES_MAY2021/SLAMDUNK_SINGULARITY/slamdunk_latest.sif slamdunk all \
-r GRCm38.primary_assembly.genome.fa \
-b 3UTRs_vM14_github_repository.27aug2020.sortdesc.LONG.with.SYMBOLS.to.use.bed \
-o /output8 \
-t 4 \
./8_R1_001.fastq.gz
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