zoo::rollapply 窗口超过列值而不是行

如何解决zoo::rollapply 窗口超过列值而不是行

dat = structure(list(index = c(10505L,10506L,10511L,10539L,10542L,10579L,10642L,11008L,11012L,13011L,13110L,13116L,13118L,13156L,13259L,13273L,13313L,13365L,13380L,13382L,13445L,13453L,13482L,13483L,13494L,13543L,13550L,14462L,14464L,14564L,14599L,14604L,14674L,14719L,14728L,14775L,14860L,14874L,14930L,14933L,14975L,15031L,15089L,15117L,15179L,15211L,15241L,15245L,15255L,15260L,15418L,15585L,15627L,15644L,15774L,15776L,15777L,15790L,15791L,15833L,15849L,15850L,15886L,16042L,16127L,16140L,16141L,16142L,16365L,16485L,16489L,16515L,16542L,16738L,16834L,16949L,17272L,17462L,17569L,17571L,17641L,17654L,17694L,17695L,17709L,17748L,17836L,17922L,18643L,20113L,20131L,28914L,29318L,30524L,30741L,30912L,30923L,30998L,46650L,46698L),V2 = c(3L,3L,2L,1L,0L,5L,1L)),row.names = c(NA,-100L),class = "data.frame")

假设我想在滚动窗口中跨 dat 计算一个函数。

n_sites = function(x) {
    return(sum(x > 1))
}

zoo::rollapply(dat$V2,FUN=n_sites,width=100)

但是，我不想使用行数作为窗口大小，而是使用 index 列中的实际数值。所以我想让每个窗口在索引列中包含大约 100 个单位。鉴于第 1 行和第 7 行之间大约有 100 个单位的 index，第一个窗口将包含这些行。这可能吗？

很高兴使用 zoo 或 data.table 等解决方案。

解决方法

您也可以使用包 runner，其中参数 idx 正是您要查找的内容

dat$n_sites <- runner::runner(x = dat$V2,idx = dat$index,k = 100,f = n_sites)

head(dat,10)
   index V2 n_sites
1  10505  3       1
2  10506  3       2
3  10511  3       3
4  10539  2       4
5  10542  2       5
6  10579  2       6
7  10642  2       2
8  11008  1       0
9  11012  0       0
10 13011  3       1

,

您可以使用 slider::slide_index 代替 zoo::rollapply：

library(slider)
dat$n_sites <- slider::slide_index(.x = dat$V2,.i = dat$index,.f = n_sites,.before = 100)

head(dat,10)
   index V2 n_sites
1  10505  3       1
2  10506  3       2
3  10511  3       3
4  10539  2       4
5  10542  2       5
6  10579  2       6
7  10642  2       3
8  11008  1       0
9  11012  0       0
10 13011  3       1

,

rollapply 中的宽度可以是一个向量，使得第 i 个元素是用于第 i 行的宽度。对这个问题有多种解释。我们可以使用最大宽度不超过 100 个索引单元，最小宽度至少 100 个索引单元或最接近 100 个索引单元的宽度。问题似乎要求第三个，但示例宽度 7 与此不一致，并表明可能需要第二种解释。我们在最后给出了所有三个宽度。选择你想要的。问题还说第一个窗口是 7 表示需要左对齐。

library(zoo)

w <- w2 # see calcs of w1,w2 and w3 at end.  Use whichever you want.
transform(dat,roll = rollapplyr(V2,w,n_sites,fill = NA,align = "left"))

如果 n_sites 只是实际功能的替代品，那么我们可以使用上面的，但如果它是实际功能，我们可以消除它并像这样写：

transform(dat,roll = rollapplyr(V2 > 1,sum,align = "left"))

宽度

这可能有很多变化，我们计算了这里提到的三个。

下面的代码使用基础 R 的 findInterval。回想一下 findInterval(x,vec)，其中 x 和 vec 是向量，而 vec 是非递减的，返回一个与 x 长度相同的向量，使得结果的第 i 个分量是 sum(x[i] >= vec) 但是这样做更有效。也就是说，如果在 vec 中找到 x[i]，那么它会在 vec 中找到等于 x[i] 的最后一个位置，如果 x[i] 不在 vec 中，那么它会在 vec 中找到小于 x[一世]。请注意，它返回位置，即索引，而不是 vec 的值。例如， findInterval(c(20,30),c(10,30,40)) 返回 c(1,4) 因为 1 是 vec 中小于 20 的最大值的位置，而 4 是vec 中最后一个值的位置等于 30。

n <- nrow(dat)
index <- dat$index

# i1 is row number of last index no more than current index + 100
i1 <- findInterval(index + 100,index)
w1 <- i1 - 1:n + 1

# i2 is row number of first index at least equal to index + 100
i2 <- pmin(findInterval(index + 100 - 1,index) + 1,n)
w2 <- i2 - 1:n + 1
w2[1]
## [1] 7

# i is row number of index closest to current index + 100
i <- ifelse(index + 100 - index[i1] <= index[i2] - (index + 100),i1,i2)
w3 <- i - 1:n + 1