tp 传播线性范围的快速方法

如何解决tp 传播线性范围的快速方法

我有一个 data.frame，其中每一行都是一个线性区间 - 特别是这些区间是染色体上的开始和结束坐标（下面的 chr）：

df <- data.frame(chr = c("chr1","chr2","chr3"),strand = c("+","+","-","-"),start = c(34,23,67,51),end = c(52,49,99,120),stringsAsFactors = F)

一条染色体有两条链，因此有 strand 列。

我想将这些间隔 spread 的宽度设为 1，从而将 start 和 end 列替换为 position 列。到目前为止，我正在使用这个：

spread.df <- do.call(rbind,lapply(1:nrow(df),function(i)
  data.frame(chr = df$chr[i],strand = df$strand[i],position = df$start[i]:df$end[i],stringsAsFactors = F)
))

但是对于我拥有的间隔数量及其大小，它有点慢。所以我的问题是是否有更快的替代方案。

解决方法

map2 会很快

library(dplyr)
library(purrr)
library(tidyr)
df %>% 
  transmute(chr,strand,position = map2(start,end,`:`)) %>% 
   unnest(position)

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或使用 data.table

library(data.table)
setDT(df)[,.(position = start:end),.(chr,strand)]