为什么`singularity run/exec` 会自动绑定特定的某些目录？用例是什么？

如何解决为什么`singularity run/exec` 会自动绑定特定的某些目录？用例是什么？

我熟悉容器，但对 Singularity 不熟悉，我发现自己今晚在 Singularity 容器中与损坏的 Python 安装作斗争。事实证明，这是因为 $HOME 在我不知情的情况下被挂载到我的容器中。

我想我已经喜欢上了 Python 的成语“显式优于隐式”。对我来说，自动挂载特定目录是意外行为。

三个问题：

1. 为什么 Singularity 默认挂载 $HOME、/tmp、/proc 等？
2. 为了让我更适应 Singularity，这种行为有哪些用例？
3. 我看到了 --no-home 标志，但是否有一个标志可以禁用所有默认安装而不需要更改默认 Singularity 配置？

解决方法

它融合了设计、便利性和技术必要性。

最大的原因是，除非您使用某些参数另有说明，否则 Singularity 图像是只读文件系统。您需要在某个地方写入输出以及在此过程中创建的任何临时文件。也许您知道在输出目录中挂载，但是在后台创建/修改/删除了我们从未想过的各种文件。隐式自动挂载提供适用于大多数情况的合理默认值。

简单示例：您正在对某些数据进行大 E 和过滤操作，但您将结果打印到控制台，因此除了原始数据外，您无需安装任何内容。但即使经过一些操作和过滤，数据的大小也超过了可用内存，因此 sort 在进程完成时被删除之前会回退到使用 element = input() if element == 'E': break v.append(int(element)) 中的小文件。然后它崩溃了，因为您无法写入 sort。

您可以要求用户在运行时手动指定要挂载到 /tmp 的内容，或者您​​可以使用像 /tmp 这样合理的默认值并允许用户覆盖它（{{ 1}}、/tmp、/tmp）。这些也是可配置的，因此管理员可以设置特定于运行环境的合理默认值。

某些坐骑也有技术原因。 例如 SINGULARITY_TMPDIR 和 -B $PWD/fake_tmp:/tmp 需要匹配主机操作系统的权限。 bind paths and mounts 上的文档实际上非常好，并且对内容和原因有更详细的说明，甚至还有第三个问题的答案：--contain/--containall。 /etc/passwd 标志可能也很有趣。如果您真的想要深潜，还有 admin docs 和 source code on github。

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一个简单但真实的奇点用例，并附有说明：

/etc/group

--no-mount：你已经体验过意外挂载的乐趣，还有意外的环境变量！ --contain/--containall 告诉 Singularity 不要在容器中持久化主机执行环境。你仍然可以使用，例如，singularity exec \ --cleanenv \ -H $PWD:/home \ -B /some/local/data:/data \ multiqc.sif \ multiqc -i $SAMPLE_ID /data 在容器内有 --cleanenv / -e，因为它是明确设置的。

--cleanenv/-e：这会将当前目录挂载到容器中到 SINGULARITYENV_SOMEVAR=23 并设置 SOMEVAR=23。虽然使用 -H $PWD:/home 和显式挂载可能是更好的解决方案，但我很懒惰，这确保了以下几点：

1. 当前目录被挂载到容器中。如果映像中不存在基本目录，则允许工作的隐式挂载失败，并且会安静地挂载。例如，如果您从 /home 运行并且您的映像中没有 HOME=/home，则它不会被装入。如果直接使用显式绑定 (--contain/--containall)，这不是问题或者如果显式绑定具有与当前目录的共享路径 (/cluster/my-lab/some-project)。

2. 命令是从当前目录的上下文中执行的。如果 /cluster 无法按上述方式挂载，Singularity 将使用 -B /cluster/my-lab/some-project 作为工作目录。如果 -B /cluster/data/experiment-123 和 $PWD 都无法挂载，则使用 $HOME。如果您使用的是相对路径并且您不在预期位置，这可能会导致问题。由于它特定于主机上的路径，因此尝试在本地复制问题时会真的很烦人。

3. 无论主机操作系统文件结构如何，容器内的基本路径始终相同。一致性很好。

剩下的就是正在运行的命令，在这种情况下，它总结了其他处理遗传数据的程序的日志。