无效的分组因子规范，pop : ResistanceGA 包 研究区域的形状光栅文件遗传距离矩阵采样点坐标结果目录

如何解决无效的分组因子规范，pop : ResistanceGA 包 研究区域的形状光栅文件遗传距离矩阵采样点坐标结果目录

下午好

我正在尝试优化抗性表面并执行种群效应模型 (MLPE) 的最大可能性，以找到与土地利用变量相关的模型，这些模型最能解释我的树木种群之间的遗传差异。为此，我使用了 ResistanceGA 包，它的脚本需要结果目录、遗传距离矩阵、采样位置（坐标）和带有土地利用层的栅格文件。

运行脚本时出现以下错误：“无效的分组因子规范，弹出” 由于我必须为我的研究区域剪切原​​始光栅图（蒙版）并调整文件的分辨率，因为原始分辨率非常精细，我相信这会干扰错误。但不幸的是，我找不到解决方案。

此外，我认为错误可能发生是因为我的样本区域在纬度上非常大，所以我使用了人口较少的较小区域，但错误仍然存​​在。执行SS_optim 函数时发生错误。 我是 R 的新手，如果有人能帮我找出发生了什么，我将不胜感激。脚本和数据如下：

数据：https://drive.google.com/drive/folders/166TziaYgCB6_7SqR7qN621sNVgUTZAZ1?usp=sharing

输入数据

研究区域的形状

shape <- readOGR(shape.shp)

光栅文件

original_raster <-list.files("folder_original_raster/",pattern = "tif",full.names = T,recursive = T)

original_raster <- raster(original_raster)

raster_mask <- raster::mask(original_raster,shape)

raster_aggregate <- aggregate(raster_mask,fact=30,fun=mean)

遗传距离矩阵

matrix.gen <- read.table(file = "genetic_data.txt",header= FALSE)

采样点坐标

Sample.coord <- read.table("sample_coord.txt",header=TRUE)

Sample.coord <- SpatialPoints(Sample.coord[,c(2,3)])

结果目录

result.dir <- ("results folder/")

脚本抵抗GA

CS.response <- lower(matrix.gen)

GA.inputs <- GA.prep(ASCII.dir = raster_aggregate,Results.dir = result.dir,select.trans = list(NA,"A"),parallel = 4)

gdist.inputs <- gdist.prep (length(Sample.coord),samples = Sample.coord,response = CS.response,method ='commuteDistance') ## Optimize using commute distance

SS_RESULTS.gdist <- SS_optim (gdist.inputs = gdist.inputs,GA.inputs = GA.inputs)