如何从 R 中的 coxph 模型摘要中汇总单变量结果 - 多级协变量？

如何解决如何从 R 中的 coxph 模型摘要中汇总单变量结果 - 多级协变量？

how to extract formula from coxph model summary in R? 上的精彩教程展示了如何总结变量列表的单变量 cox ph 结果；但是，此代码仅适用于连续或二进制协变量。如果你有一个分类变量，比如种族，有 3 个或更多的级别，代码就会失败。

例如，让我们随机分配一个种族。

race<-c("White","Black","Other")
lung$race<-sample(race,12,replace = TRUE)

covariates <- c("race","age","sex","ph.karno","ph.ecog","wt.loss")
univ_formulas <- sapply(covariates,function(x) as.formula(paste('Surv(time,status)~',x)))

univ_models <- lapply( univ_formulas,function(x){coxph(x,data = lung)})
# Extract data 
univ_results <- lapply(univ_models,function(x){ 
                         x <- summary(x)
                         p.value<-signif(x$wald["pvalue"],digits=2)
                         wald.test<-signif(x$wald["test"],digits=2)
                         beta<-signif(x$coef[1],digits=2);#coeficient beta
                         HR <-signif(x$coef[2],digits=2);#exp(beta)
                         HR.confint.lower <- signif(x$conf.int[,"lower .95"],2)
                         HR.confint.upper <- signif(x$conf.int[,"upper .95"],2)
                         HR <- paste0(HR," (",HR.confint.lower,"-",HR.confint.upper,")")
                         res<-c(beta,HR,wald.test,p.value)
                         names(res)<-c("beta","HR (95% CI for HR)","wald.test","p.value")
                         return(res)
                         #return(exp(cbind(coef(x),confint(x))))
                       })
res <- t(as.data.frame(univ_results,check.names = FALSE))
as.data.frame(res)

最终输出失败，因为种族的单变量结果具有不同的维度数。

我发现我可以通过这种方式提取各个级别的 HR：
coef(summary(coxph(Surv(Time,status) ~ Race,data=dataset)))[,2]

但是，当我尝试将其作为项目包含在数据框中时，我的代码会崩溃。我将不胜感激任何帮助。我在谷歌上搜索了很多，然后用头撞墙。

提前致谢。

解决方法

我发现 Nikk Kennedy's solution 很有帮助。他不仅提供了示例代码，还转身为R做了一个包！向这个人致敬。

以上面的例子为例，但首先，加载 Forestmodel 包。

library(forestmodel)
univ_formulas <- sapply(covariates,function(x) as.formula(paste('Surv(time,status)~',x)))

univ_models <- lapply(univ_formulas,function(x){coxph(x,data = lung)})

forest_model(model_list = univ_models,covariates = covariates,merge_models = T)

多田。请记住，种族是随机分配的，因此请谨慎对待这些结果！