如何解决为什么 corrplot 中相关性的颜色与其显着性不匹配?
我通常使用以下代码来生成一个很好的零阶相关性相关矩阵。我目前正在尝试使用相同的代码来生成部分相关的相关矩阵。但是,由于某种原因,我得到了一个相关矩阵,其中颜色之间不匹配,这些颜色应该表明显着性水平和相关性本身(顺序中的某些内容不正确)。 有谁知道我需要在代码中更改什么才能使其正常工作?我是否需要更改我定义的 cor.mtest 函数中的某些内容?
非常感谢!
library(corrplot)
# mat : is a matrix of data
# ... : further arguments to pass to the native R cor.test function
cor.mtest <- function(mat,...) {
mat <- as.matrix(mat)
n <- ncol(mat)
p.mat<- matrix(NA,n,n)
diag(p.mat) <- 0
for (i in 1:(n - 1)) {
for (j in (i + 1):n) {
tmp <- cor.test(mat[,i],mat[,j],...)
p.mat[i,j] <- p.mat[j,i] <- tmp$p.value
}
}
colnames(p.mat) <- rownames(p.mat) <- colnames(mat)
p.mat
}
#Select a subset of variables into a new df:
myvars <- c("1","2","3","4","5","6","7","8","9","10","11","12","13","14","15","16","17")
DataFactors <- Data[myvars]
M_pr <- partial.r(DataMenPartial,1:14,15:17)
# matrix of the p-value of the correlation
p.mat <- cor.mtest(DataFactors)
col <- colorRampPalette(c("#BB4444","#EE9988","#FFFFFF","#77AADD","#4477AA"))
corrplot(M_pr,method="color",col=col(200),type="upper",addCoef.col = "black",# Add coefficient of correlation
tl.col="black",tl.srt=45,#Text label color and rotation
# Combine with significance
p.mat = p.mat,sig.level = 0.05,insig = "blank",# hide correlation coefficient on the principal diagonal
diag=FALSE
)
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