R 中的时空混合效应:相关结构中的组太大

如何解决R 中的时空混合效应:相关结构中的组太大

我正在尝试使用 lme {nlme} 拟合具有时空相关结构的混合效应模型。
数据包括 37936 lon (x) + lat (y) 网格单元(18968 个男性 + 18968 个女性),密度 (kde),高于/低于长期平均值从 2001 年到 2010 年 (yearF=10),降雨量 (rainAB) 和与水的距离 (wDist) 每年都会重复。
我想模拟 kde 如何受 rainABwDist 的影响,同时允许每个 sexFyearF 有自己的截距和斜率,而这些又都与空间 (x+y) 和时间 (yearF >).
该模型在小数据集 (n=3780) 上运行良好,但在较大数据集 (n=379360) 上有 Too large groups in the correlation structure。我将不胜感激有关如何处理此问题的任何建议 - 请参阅下面的可重现示例。

# LOAD LIBRARIES
library(nlme)
library(car)
library(dplyr)
library(ggstatsplot)
#----------------------------------------------------------------------------------------------

# SMALL DATASET
set.seed(1)
(nGrid_s = 189) #Number of 1km grid cells in study area
(nYrs = 10) #Number of years
(nGrps = 2) #Number of groups i.e. male and female

dat_s = data.frame(x=rep(seq(from=283,to=401,length.out=nGrid_s),each=nYrs),y=rep(seq(from=7176,to=7529,yearF=as.factor(rep(2001:2010,nGrid_s)),sexF=as.factor(rep(c('male','female'),each=nGrid_s*nYrs)),kde=runif(nGrid_s*nYrs,8),rainAB=runif(nGrid_s*nYrs,-70,247),wDist=runif(nGrid_s*nYrs,14))
str(dat_s)

# LME WITH SMALL DATASET (n=3780)
lmeS = lme(kde~rainAB/sexF+wDist/sexF,#What about how rainAB affects wDist
           # random=~y+x|yearF,random=~yearF|sexF,correlation=corSpatial(form=~x+y|sexF/yearF),control=lmeControl(maxIter=50,msMaxIter=50,niterEM=50,opt='optim',msVerbose=TRUE),method="REML",data=dat_s)
summary(lmeS)
Anova(lmeS,type=c("III")) 
ggcoefstats(x = lmeS,title = "Small LME mixed-effects model")
##############################################################################################

# GENERATE LARGE DATASET
set.seed(2)
(nGrid_l = 18968) #Number of 1km grid cells in study area

dat_l = data.frame(x=rep(seq(from=283,length.out=nGrid_l),nGrid_l)),each=nGrid_l*nYrs)),kde=runif(nGrid_l*nYrs,rainAB=runif(nGrid_l*nYrs,wDist=runif(nGrid_l*nYrs,14))

# LME WITH LARGE DATASET (n=379360)
lmeL = lme(kde~rainAB/sexF+wDist/sexF,data=dat_l)
# Error: 'sumLenSq := sum(table(groups)^2)' = 1.43914e+10 is too large.
# Too large or no groups in your correlation structure?
#-------------------------------------------------------------------------------

版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报,一经查实,本站将立刻删除。

相关推荐


使用本地python环境可以成功执行 import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt # 设置字体 plt.rcParams['font.sans-serif'] = ['SimHei'] # 能正确显示负号 p
错误1:Request method ‘DELETE‘ not supported 错误还原:controller层有一个接口,访问该接口时报错:Request method ‘DELETE‘ not supported 错误原因:没有接收到前端传入的参数,修改为如下 参考 错误2:cannot r
错误1:启动docker镜像时报错:Error response from daemon: driver failed programming external connectivity on endpoint quirky_allen 解决方法:重启docker -> systemctl r
错误1:private field ‘xxx‘ is never assigned 按Altʾnter快捷键,选择第2项 参考:https://blog.csdn.net/shi_hong_fei_hei/article/details/88814070 错误2:启动时报错,不能找到主启动类 #
报错如下,通过源不能下载,最后警告pip需升级版本 Requirement already satisfied: pip in c:\users\ychen\appdata\local\programs\python\python310\lib\site-packages (22.0.4) Coll
错误1:maven打包报错 错误还原:使用maven打包项目时报错如下 [ERROR] Failed to execute goal org.apache.maven.plugins:maven-resources-plugin:3.2.0:resources (default-resources)
错误1:服务调用时报错 服务消费者模块assess通过openFeign调用服务提供者模块hires 如下为服务提供者模块hires的控制层接口 @RestController @RequestMapping("/hires") public class FeignControl
错误1:运行项目后报如下错误 解决方案 报错2:Failed to execute goal org.apache.maven.plugins:maven-compiler-plugin:3.8.1:compile (default-compile) on project sb 解决方案:在pom.
参考 错误原因 过滤器或拦截器在生效时,redisTemplate还没有注入 解决方案:在注入容器时就生效 @Component //项目运行时就注入Spring容器 public class RedisBean { @Resource private RedisTemplate<String
使用vite构建项目报错 C:\Users\ychen\work>npm init @vitejs/app @vitejs/create-app is deprecated, use npm init vite instead C:\Users\ychen\AppData\Local\npm-
参考1 参考2 解决方案 # 点击安装源 协议选择 http:// 路径填写 mirrors.aliyun.com/centos/8.3.2011/BaseOS/x86_64/os URL类型 软件库URL 其他路径 # 版本 7 mirrors.aliyun.com/centos/7/os/x86
报错1 [root@slave1 data_mocker]# kafka-console-consumer.sh --bootstrap-server slave1:9092 --topic topic_db [2023-12-19 18:31:12,770] WARN [Consumer clie
错误1 # 重写数据 hive (edu)> insert overwrite table dwd_trade_cart_add_inc > select data.id, > data.user_id, > data.course_id, > date_format(
错误1 hive (edu)> insert into huanhuan values(1,'haoge'); Query ID = root_20240110071417_fe1517ad-3607-41f4-bdcf-d00b98ac443e Total jobs = 1
报错1:执行到如下就不执行了,没有显示Successfully registered new MBean. [root@slave1 bin]# /usr/local/software/flume-1.9.0/bin/flume-ng agent -n a1 -c /usr/local/softwa
虚拟及没有启动任何服务器查看jps会显示jps,如果没有显示任何东西 [root@slave2 ~]# jps 9647 Jps 解决方案 # 进入/tmp查看 [root@slave1 dfs]# cd /tmp [root@slave1 tmp]# ll 总用量 48 drwxr-xr-x. 2
报错1 hive> show databases; OK Failed with exception java.io.IOException:java.lang.RuntimeException: Error in configuring object Time taken: 0.474 se
报错1 [root@localhost ~]# vim -bash: vim: 未找到命令 安装vim yum -y install vim* # 查看是否安装成功 [root@hadoop01 hadoop]# rpm -qa |grep vim vim-X11-7.4.629-8.el7_9.x
修改hadoop配置 vi /usr/local/software/hadoop-2.9.2/etc/hadoop/yarn-site.xml # 添加如下 <configuration> <property> <name>yarn.nodemanager.res