如何解决在python中以微米为单位设置像素比例
我有以下问题:在将一些对象分割成堆栈中的多个切片后,我现在尝试分析它们以提取多个测量值,例如体积以及长轴和最小轴长度。我想在提取任何测量值之前设置像素大小,即将 XYZ 轴转换为以微米为单位的相应像素大小,然后计算实际值(例如体积、轴长度等)
例如:
import os
from glob import glob
import pandas as pd
import numpy as np
from skimage.io import imread,imsave
from skimage.measure import regionprops,regionprops_table
pathname = "path/to/image.tif"
Y = sorted(glob(pathname+'/*.tif'))
Y = list(map(imread,Y))
pixelsize = (0.11,0.11,0.25) #xyz
table = pd.DataFrame(regionprops_table(mask.astype(int),properties=['label','area','major_axis_length'))
目前我正在这样做,例如:
table["major_axis_length"] = table["major_axis_length"].apply(lambda x: x*pixelsize[0])
这适用于 2D,但不适用于 3D 测量。如何在执行任何测量之前设置比例?
谢谢!
版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报,一经查实,本站将立刻删除。