如何使两个相同的networkx图具有相同的节点顺序

如何解决如何使两个相同的networkx图具有相同的节点顺序

我有两个具有相同拓扑的 networkx 图。 他们的weisfeiler_lehman_graph_hash 是一样的。 并且 is_isomorphic 返回 True。 但是这两个图的节点顺序是不同的。 所以我的问题是如何重新排序它们的节点，以便它们可以具有相同的节点顺序。 这是一个简单的例子：

>>> import networkx as nx
>>> import networkx.algorithms.graph_hashing as graph_hashing
>>> import networkx.algorithms.isomorphism as isomorph
>>> A = nx.Graph()
>>> B = nx.Graph()
>>> A.add_nodes_from([(4,{"elem":"N"}),(5,{"elem":"H"}),(6,{"elem":"C"})])
>>> A.add_edges_from([(5,6),(4,6)])
>>> B.add_nodes_from([(1,{"elem":"C"}),(2,(3,{"elem":"H"})])
>>> B.add_edges_from([(1,2),(1,3)])
>>> A.nodes.data()
NodeDataView({4: {'elem': 'N'},5: {'elem': 'H'},6: {'elem': 'C'}})
>>> B.nodes.data()
NodeDataView({1: {'elem': 'C'},2: {'elem': 'N'},3: {'elem': 'H'}}) 
#B have different node label and order from A
>>> isomorph.is_isomorphic(A,B)
True
>>> graph_hashing.weisfeiler_lehman_graph_hash(A,node_attr='elem')
'41951f5f6a37cdb32e7de9b6429fa0e9'
>>> graph_hashing.weisfeiler_lehman_graph_hash(B,node_attr='elem')
'41951f5f6a37cdb32e7de9b6429fa0e9'  
#B have same graph hash and is isomorphic to A

我想要的是一些函数 reorder_node_by()

>>> A.nodes.data()
NodeDataView({4: {'elem': 'N'},3: {'elem': 'H'}}) 
>>> B.reorder_node_by(A)
>>> B.nodes.data()
NodeDataView({1: {'elem': 'N'},2: {'elem': 'H'},3: {'elem': 'C'}}) 

解决方法

is_isomorphic 中使用的 VF2 算法有一个扩展接口，您可以从它的 documentation 中获得：

from networkx.algorithms import isomorphism
GM = isomorphism.GraphMatcher(B,A)
GM.is_isomorphic()
# True
GM.mapping
# {2: 4,1: 6,3: 5}

然后您需要将其与 relabel_nodes 结合：

B = nx.relabel_nodes(B,GM.mapping,copy=False)