如何解决在 anaconda env
请怜悯我。我来自 R 世界,最近在 python 中继承了一个项目。我不得不使用 python 已经大约两年了,所以我可能遗漏了一些明显的东西。如果有人认为有必要,我会尽我所能进行 reprex。
我有一个在 ubuntu 20.04 上运行的 anaconda 环境。我已经激活了环境,然后安装了 biopython。但是,每当我运行有问题的脚本文件时,我都会收到 ModuleNotFoundError
。这是完整的错误:
from Bio import SeqIO ModuleNotFoundError: No module named 'Bio'
进行一些挖掘后,结果 Bio
实际上在 biopython
内,当我运行 conda list | grep 'Bio'
时,我什么也没有得到输出。但是,当我运行 conda list | grep 'bio'
时,这是输出。
# packages in environment at /home/user/anaconda3/envs/bioPy: biopython 1.78 py38h7b6447c_0
这是 which python3
的输出
/home/user/anaconda3/envs/bioPy/bin/python3
我也直接启动了解释器,从活动环境中运行 import Bio
然后使用我想使用的方法,没有问题。但是如果我尝试导入 biopython
,我会得到一个 ModuleNotFoundError
。所以我很确定 Bio
是我实际运行脚本所需要的
我在 this post 中阅读了有关手动更改位于 /home/user/anaconda3/lib/python3.x/site-packages
的 site-packages 目录中的包目录名称的内容。看起来很牵强,但没有什么不同,因为该目录已经在站点包中命名为“Bio”。
我从 biopython website 中看到 Bio
是 biopython 项目的 API,我想要的特定代码段是 API (SeqIO) 中的一个单独包。
所以这是我的问题。应该如何从导入到 Python 脚本的 Bio
包中获取方法?
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