如何解决在一个图 ggplot2
我正在尝试创建一个图表,该图表显示针对不同结果的 3 个独立 t 检验的值。我正在尝试使用 ggpubr 的 stat_compare_means 函数,但一直收到以下错误:Computation failed in `stat_signif()`: missing value where TRUE/FALSE needed
。这与 Add P values to comparisons within groups boxplot 的错误相同,但我的情况要简单得多。有没有办法解决这个问题?
下面的示例代码
require(tidyverse)
require(ggplot2)
require(ggpubr)
condition <- c("a","a","b","b")
outcome_1 <- c(5,4,3,5,2,3)
outcome_2 <- c(4,4)
outcome_3 <- c(1,1,2)
df <- data.frame(condition,outcome_1,outcome_2,outcome_3)
df_means <- df %>%
select(condition,outcome_3)
gg_means <- melt(df_means,id = "condition")
#dodge <- position_dodge(width = 0.5)
ggplot(gg_means,aes(x = reorder(variable,-value),y = value,fill = factor(condition))) +
stat_summary(fun = mean,geom = "bar",position = position_dodge(width = 0.8),width = 0.75) +
stat_summary(fun.data = mean_cl_boot,geom = "errorbar",colour="grey70",position=position_dodge(width = 0.8),width =.25) +
stat_compare_means(aes(group=condition),label = "p.signif",method="t.test",comparisons = (list(c("a","b")))) +
scale_fill_brewer(palette = "Paired") +
scale_y_continuous(breaks = seq(0,by = 1),limits = c(0,5),expand = c(0,0))
下面是输出的图片:
基本上,我想显示条件 a 和 b 之间每个结果的 t 检验 p 值(理想情况下实际上是 mann-whitney U 检验)。
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