docker和singularity的工作目录的区别

如何解决docker和singularity的工作目录的区别

我有一个关于 docker 和奇点的非常基本的问题。我希望能够同时使用 docker 和奇异点运行 docker 容器，但我对工作目录之间的差异感到困惑。这是一个示例：在我的 docker 容器中，我有 main.sh 和 test.sh。

main.sh 的内容：

#!/bin/bash

echo "Executing main.sh"
./test.sh

test.sh 的内容：

#!/bin/bash

echo "Executing test.sh"

执行以下操作时： sudo docker run -t myuser/mydocker:1.0 ./main.sh

我得到了预期的输出：

Executing main.sh
Executing test.sh

但是当执行 singularity exec -e docker://myuser/mydocker:1.0 /main.sh

我收到此错误：

Executing main.sh
/main.sh: line 4: ./test.sh: No such file or directory

为什么 test.sh 无法访问？有没有办法让它在不改变 main.sh 的内容的情况下通过奇点工作？我的奇点版本是3.6.3。

谢谢！

解决方法

这是 docker 和奇点之间的一大区别。

在 docker 中，工作目录在 Dockerfile 中使用 WORKDIR /some/path 或 -w /some/path 命令行参数设置。否则，它使用默认值 /。

然而，奇异的是，您在主机上的主目录（或当前目录，在旧版本上）被挂载并用作容器内的工作目录。您可以使用 --pwd 标志来覆盖它。

所以给定 Dockerfile：

FROM debian:buster-slim
COPY main.sh test.sh /

使用 docker 运行：

$ docker run --rm myuser/mydocker:1.0 ./main.sh
Executing main.sh
Executing test.sh

$ docker run --rm myuser/mydocker:1.0 pwd
/

奇异点：

# note the full path of the file that isn't found
$ singularity exec -e mydocker.sif ./main.sh
FATAL:   stat /home/tsnowlan/main.sh: no such file or directory

# does NOT match the WORKDIR from the Dockerfile
$ singularity exec -e mydocker.sif pwd
/home/tsnowlan

# use full path to the script
# BUT still executing from $HOME so `./test.sh` is resolves to `$HOME/test.sh`
$ singularity exec -e mydocker.sif /main.sh
Executing main.sh
/main.sh: line 4: ./test.sh: No such file or directory

# tell singularity to run from /
$ singularity exec -e --pwd / mydocker.sif ./main.sh
Executing main.sh in
Executing test.sh