如何解决bash 脚本中的奇点外壳
我正在尝试在脚本中运行奇点 shell,并在奇点图像中运行多个命令,包括 conda
。
下面是我试图做的一个例子。在下面运行 my_script.sh
不起作用。在 shell 命令之后,其他一切似乎都在奇异图像之外运行。
## my_script.sh ##
singularity shell image.sif
source activate test_env
pbsv --version
conda deactivate
我知道我可以将所有命令放在 another_script.sh
中,然后使用 singularity exec image.sif another_script.sh
调用该脚本,但我试图避免创建多个小脚本。
是否可以在 bash 脚本中运行奇异 shell?或者是否可以在奇点内运行多个命令同时避免创建脚本?
解决方法
singularity shell
用于获取交互式 shell 会话,而不是运行脚本。在您的示例中,后续命令均在 shell 进程完成后运行,而不是在 shell 内运行。
如果删除第一行,singularity exec image.sif my_script.sh
将在容器内运行脚本。 conda deactivate
也是不必要的,因为环境在容器内。
我发现我可以运行多个命令而无需创建脚本。
不要使用singularity shell,而是使用singularity exec:
singularity exec bash -c "source activate test_env && pbsv --version"
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