R 查看器窗格未显示 D3 交互式图形

如何解决R 查看器窗格未显示 D3 交互式图形

我在最新版本的 R 和 R studio 中使用 bipartiteD3 包（昨天下载）。

当我运行 bipartite_D3 函数包中的示例命令和示例文件时，它没有在查看器窗格中显示交互式二分图。相反，查看器窗格中会出现一条错误消息，其中提到：

d3.nest 不是函数

我附上了带有代码和错误的 R studio 页面截图。

解决方法

最新版本的 d3 不再包含 d3-collection 模块中包含的功能。看起来 r2D3 现在默认使用这个版本 (d3v6)，但是 bipartiteD3 仍然使用它。这意味着它无法访问 d3.nest()，这解释了您的错误，因为 d3.nest 不再是 d3 的方法。

BipartiteD3 可以相对容易地更新，但同时有几个选项可以更正此问题，例如，您可以执行以下操作之一：

1. 安装旧版本的 r2d3 以替换当前版本

例如：

packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/r2d3/r2d3_0.2.3.tar.gz"
install.packages(packageurl,repos=NULL,type="source")

或

2. 在本地编辑 r 包源文件以将正确的版本传递给 r2d3（使用 d3_version = "5" 完成）

或

3. 创建一个包含所有 bipartite_D3 部分的新函数，但也传递一个版本参数（也用 d3_version = "5" 完成，本质上与 #2 相同，但不修改 bipartiteD3 源）

例如：

library(r2d3)
library(bipartite )
library(purrr) 
library(dplyr) 
library(tidyr) 
library(stringr)
library(tibble)
library(RColorBrewer)
library(bipartiteD3)


testdata <- data.frame(higher = c("bee1","bee1","bee2","bee3"),lower = c("plant1","plant2","plant1","plant3","plant4"),webID = c("meadow","meadow","meadow"),freq=c(5,9,1,2,3,7))
bipartite::frame2webs(testdata)-> SmallTestWeb

Used3v5<- function(data,filename='bipartiteD3Script',PrimaryLab = 'Primary',SecondaryLab='Secondary',SiteNames=NULL,colouroption=c('monochrome','brewer','manual')[1],HighlightLab = 'Unlinked',HighlightCol = '#3366CC',monoChromeCol = 'rgb(56,43,61)',ColourBy = c(1,2)[2],BrewerPalette = 'Accent',NamedColourVector,MainFigSize = NULL,SortPrimary=NULL,SortSecondary=NULL,mp = c(1,1),MinWidth=10,Pad=1,IndivFigSize= c(200,400),BarSize = 35,Orientation = c('vertical','horizontal')[1],EdgeMode = c('straight','smooth' )[2],BoxLabPos = NULL,IncludePerc = TRUE,PercentageDecimals =0,PercPos = NULL,CSS_Output_Supress = FALSE,PRINT=FALSE){
  df<-NULL
  
  if(tibble::is_tibble(data)){
    data<- as.data.frame(data)
  }
  
  if(is.data.frame(data)){
    df<- data
  }else{
    if(is.list(data)){
      df<-List2DF(data,PrimaryLab,SecondaryLab,SiteNames)
    }else{
      dimensions<-length(dim(data))
      if(dimensions ==3){
        df<-Array2DF(data,SiteNames)
      }
      if(dimensions==2){
        df<-Matrix2DF(data,SiteNames)
      }
    }
  }
  if(is.null(df)){#
    stop('invalid data input. Valid forms are data frame,bipartite style matrix,list or array')
  }
  
  if((mp[2]*mp[1])> (ncol(df)-2)){
    warning('Making too many facets. Are you sure mp is set ok?')
  }
  if((mp[2]*mp[1])< (ncol(df)-2)){
    warning('Making too few facets. Guessing you want 1 row')
    mp[2]<-ncol(df)-2
  }
  
  if(is.null( MainFigSize)){
    MainFigSize<-c(mp[2]*700,mp[1]*700) # Having a reasonable guess at a default overall figure size
  }
  
  BP_JS_Writer(df = df,filename = filename,colouroption = colouroption,HighlightLab = HighlightLab,HighlightCol = HighlightCol,monoChromeCol = monoChromeCol,ColourBy = ColourBy,BrewerPalette = BrewerPalette,NamedColourVector = NamedColourVector,MainFigSize = MainFigSize,SortPrimary = SortPrimary,SortSecondary = SortSecondary,mp = mp,MinWidth = MinWidth,Pad = Pad,IndivFigSize = IndivFigSize,BarSize = BarSize,Orientation = Orientation,EdgeMode = EdgeMode,AxisLabels= c(PrimaryLab,SecondaryLab),FigureLabel = SiteNames,BoxLabPos = BoxLabPos,IncludePerc = IncludePerc,PercentageDecimals = PercentageDecimals,PercPos = PercPos,CSS_Output_Supress = CSS_Output_Supress,PRINT =  PRINT)
  
  LoadVisJS()
  
  # only line changed here to add d3_version = "5"
  r2d3::r2d3(data = NA,d3_version="5",script = paste0(filename,".js"),height= MainFigSize[2],width= MainFigSize[1],dependencies ="vizjs.js")
}

Used3v5(SmallTestWeb)

,

你是否加载了所有的包？文档建议

library(r2d3)
library(bipartite)
library(purrr) 
library(dplyr) 
library(tidyr) 
library(stringr)
library(tibble)
library(RColorBrewer)
library(bipartiteD3)

https://cran.r-project.org/web//packages/bipartiteD3/vignettes/bipartiteD3_Intro.html

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我刚刚安装了旧版本的 r2d3 (0.2.3)，它完美地显示了 R 查看器窗格中的交互式二部图。 我在这里附上截图。 Here is the screenshot of R studio showing the commands and graph 谢谢@安德鲁·里德