如何解决如何将奇点自动生成的文件输出到主机当前目录?
在下面的奇异运行中,我将主机目录$wkdir
绑定为容器的/wkdir
#!/bin/bash
sif=/mnt/data1/workspace/dz33/cellranger/build/cellranger-4.0.0.sif
wkdir=/mnt/data1/workspace3
singularity exec -B ${wkdir}:/wkdir ${sif} cellranger mkfastq \
--id=siftest \
--run=/wkdir/data/abc \
--samplesheet=/wkdir/data/samples.csv \
--output-dir=/wkdir/container_test
但是,除主输出外,该程序会自动在容器的根目录中创建某些目录,并生成一些中间文件,这些文件会由于写入权限而导致错误。我想知道如何将这些自动生成的文件和目录输出到主机当前目录。
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