如何解决在不同组件上绘制PCA数据
不确定这是由于我对R的了解有限还是完全不可能,但这是我的问题。
我有一个由许多样品的化学签名构成的数据集。为了找到可能的相关性,我运行了PCA,现在我需要根据其样本编号绘制每个样本(一旦投影到每个组件上),而不是对两个主要组件进行双图绘制(是的,我知道这很奇怪) ,但我确实需要这样做)。
我将发布一个虚拟数据集以及我运行PCA的方式
depth<-c(1:1000)
Na<-runif(1000,min=50,max=100)
K<-runif(1000,min=0,max=10)
Mg<-runif(1000,min=5,max=20)
Ca<-runif(1000,max=20)
Cl<-runif(1000,max=50)
NO3<-runif(1000,min=10,max=75)
SO4<-runif(1000,max=200)
data<-data.frame(depth,Na;K,Mg,Ca,Cl,NO3,SO4)
GV7.pca<-prcomp(data[,c(2:8)])
现在我被卡住了。我需要绘制它们,并为每个样本查看一次,实质上是将其“值”投影到每个组件上,然后查看样本深度函数的可变性:通常,我会使用ggbiplot(GV7.pca)
来获得快速的图形表示我的数据,但这仅考虑了前两个主要组成部分(我对一些不太重要的组成部分很感兴趣)和我制作的数据数量,因此几乎看不到任何东西。
有什么主意吗?
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